Для чего этот сервер?

Сервер gget-mcp соединяет AI-ассистентов с биоинформатическими инструментами gget. Он нужен, чтобы AI мог сам искать гены, доставать их последовательности, предсказывать структуры белков, анализировать мутации и обогащение путей — и всё это на обычном языке, без командной строки и кода. Это ускоряет геномные исследования, превращая сложные запросы в простой диалог.

Что он умеет?

Сервер ищет гены и Ensembl ID по названиям и синонимам, получает последовательности ДНК и белков, метаданные генов и транскриптов, референсные геномы. Он выравнивает последовательности через BLAST, BLAT, MUSCLE и DIAMOND, мутирует их по заданным аннотациям. Анализирует экспрессию генов в ARCHS4 и Bgee, ищет раковые мутации в COSMIC, обогащение по Enrichr. Предсказывает структуры белков через AlphaFold и PDB, ELM-мотивы, запрашивает single-cell данные и связи генов с болезнями и лекарствами.

Каталог MCP

longevity-genie/gget-mcp

от longevity-genie

MCP сервер для библиотеки gget: AI-ассистенты выполняют сложные запросы к геномным базам: поиск генов, BLAST и предсказание белков. Инструмент полезен биоинформатикам для анализа геномики через естественный язык.

Github PyPi Сайт сервера

README

20 инструментов

Версии

Установить сервер

gget-mcp

MCP (Model Context Protocol) server for the gget bioinformatics library.

gget-mcp Example

This server implements the Model Context Protocol (MCP) for gget, providing a standardized interface for accessing powerful bioinformatics tools and databases. MCP enables AI assistants and agents to perform complex genomics queries through structured interfaces.

The gget bioinformatics toolkit provides efficient querying of genomic databases and includes functions for:

Gene and sequence information retrieval
BLAST and sequence alignment
Protein structure prediction
Gene expression analysis
Functional enrichment analysis
And much more!

🚀 Quick Example: What Can You Do?

See how the gget MCP server works in practice with AI assistants

👤 User: "Analyze the TP53 gene - find its details and protein sequence, then check for cancer mutations"

🤖 AI Assistant: I'll help you analyze TP53 step by step:

[Uses gget_search] → Found TP53 (ENSG00000141510) on chromosome 17
[Uses gget_info] → TP53 is a protein-coding tumor suppressor gene
[Uses gget_seq with translate=True] → Retrieved 393 amino acid protein sequence
[Uses gget_cosmic] → Found hotspot mutations R175H, R248Q, R273H in multiple cancers

Часто задаваемые вопросы

Инструменты были проиндексированы: 18.10.2026

gget_alphafold

Предсказать структуру белка с помощью AlphaFold и сохранить в локальный файл.

Параметры

formatstring
Формат вывода (в настоящее время поддерживает 'pdb')
output_pathstring | null
АБСОЛЮТНЫЙ путь к выходному файлу (например, '/home/user/prediction.pdb'). ИЗБЕГАЙТЕ относительных путей, так как они вызывают проблемы с расположением файлов. Если путь не указан, он будет сгенерирован автоматически.
sequencestring | string[]обязательный
Аминокислотная последовательность (строка), список последовательностей или АБСОЛЮТНЫЙ путь к FASTA-файлу

gget_archs4

Находит коррелирующие гены или атлас экспрессии тканей с использованием базы данных ARCHS4 RNA-seq.

Параметры

genestringобязательный
Символ гена (например, «STAT4») или идентификатор Ensembl, если ensembl=True (например, «ENSG00000138378»)
speciesstring
Целевой вид - 'human' или 'mouse' (только для атласа экспрессии в тканях)
whichstring
Тип анализа - «correlation» (наиболее коррелирующие гены) или «tissue» (атлас экспрессии в тканях)

gget_bgee

Получить данные об ортологах или экспрессии гена из базы данных Bgee. ПРЕДВАРИТЕЛЬНОЕ ТРЕБОВАНИЕ: сначала используйте search_genes, чтобы получить Ensembl ID.

Параметры

gene_idstringобязательный
Идентификатор гена Ensembl (например, 'ENSG00000012048' для BRCA1)
typestring
Какие данные получать - 'orthologs' или 'expression'

gget_blast

Выполняет BLAST-поиск нуклеотидной или аминокислотной последовательности по любой BLAST-базе данных.

Параметры

databasestring
База данных BLAST - 'nt', 'nr', 'refseq_rna', 'refseq_protein', 'swissprot' или 'default' (автоматическое определение)
programstring
Программа BLAST: 'blastn', 'blastp', 'blastx', 'tblastn', 'tblastx' или 'default' (автоопределение).
sequencestringобязательный
Нуклеотидная или аминокислотная последовательность (строка) или путь к FASTA-файлу

gget_blat

Выполняет BLAT-поиск нуклеотидной или аминокислотной последовательности по любой BLAT-сборке UCSC.

Параметры

assemblystring
Сборка генома: «человек» (hg38), «мышь» (mm39), «зебровая амадина» (taeGut2).
sequencestringобязательный
Нуклеотидная или аминокислотная последовательность (строка) или путь к файлу FASTA, содержащему одну последовательность

gget_cellxgene

Запрашивает данные одноклеточного РНК-секвенирования из CZ CELLxGENE Discover с помощью Census. ПРИМЕЧАНИЕ: Запрос больших наборов данных требует >16 ГБ ОЗУ и >5 Мбит/с интернет-соединения.

Параметры

cell_typestring[] | string | null
Тип(ы) клеток для запроса (например, ['mucus secreting cell'])
genestring[] | string | null
Название гена или Ensembl ID (например, ['ACE2', 'SLC5A1'])
speciesstring
Целевой вид - 'homo_sapiens' или 'mus_musculus'
tissuestring[] | string | null
Ткань(и) для запроса (например, ['lung', 'blood'])

gget_cosmic

Ищет мутации рака в базе данных COSMIC или загружает базы данных COSMIC.

Параметры

cosmic_tsv_pathstring | null
Путь к TSV-файлу COSMIC (необязательно, используется значение по умолчанию, если не указано)
searchtermstringобязательный
Символ или название гена для поиска (например, 'PIK3CA', 'BRCA1')

gget_diamond

Выравнивает последовательности с помощью DIAMOND и сохраняет в локальный файл.

Параметры

formatenum
Формат вывода (рекомендуется 'json', также поддерживается 'tsv')
output_pathstring | null
Абсолютный путь к выходному файлу (например, '/home/user/alignment.json'). Избегайте относительных путей, так как они вызывают проблемы с расположением файлов. Если не указано, генерируется автоматически.
referencestring | string[]обязательный
Референсные последовательности (строка, список) или АБСОЛЮТНЫЙ путь к FASTA-файлу с референсными последовательностями
sequencesstring | string[]обязательный
Запрашивает последовательности (строка, список) или АБСОЛЮТНЫЙ путь к FASTA-файлу с последовательностями для выравнивания относительно референса.

gget_elm

Предсказывает эукариотические линейные мотивы локально по аминокислотной последовательности или UniProt ID.

Параметры

sequencestringобязательный
Аминокислотная последовательность или идентификатор UniProt (если uniprot=True)
uniprotboolean
Если True, на вход подаётся акцессор UniProt вместо аминокислотной последовательности.

gget_enrichr

Выполняет функциональный анализ обогащения для списка генов с помощью Enrichr.

Параметры

databasestring
Ссылки на базы данных: 'pathway' (KEGG), 'transcription' (ChEA), 'ontology' (GO), 'diseases_drugs' (GWAS), 'celltypes' (PanglaoDB), 'kinase_interactions' (KEA)
genesstring[]обязательный
Укажите список символов генов (например, ['PHF14', 'RBM3']) или идентификаторы Ensembl, если ensembl=True
speciesstring
База данных видов: 'человек', 'мышь', 'муха', 'дрожжи', 'червь', 'рыба'.

gget_info

Получает подробные метаданные генов и транскриптов по Ensembl ID. ПРЕДУСЛОВИЕ: Сначала используйте search_genes, чтобы получить Ensembl ID из названий/символов генов.

Параметры

ensembl_idsstring | string[]обязательный
Один или несколько идентификаторов генов Ensembl (например, 'ENSG00000141510' или ['ENSG00000141510']) Также поддерживаются идентификаторы WormBase и FlyBase.

gget_muscle

Выравнивает последовательности с помощью MUSCLE и сохраняет в локальный файл.

Параметры

formatenum
Формат вывода («fasta» для формата FASTA, «afa» для выровненного формата FASTA)
output_pathstring | null
АБСОЛЮТНЫЙ путь к выходному файлу (например, '/home/user/alignment.fasta'). ИЗБЕГАЙ относительных путей, так как они вызывают проблемы с расположением файлов. Автоматически генерируется, если не указан.
sequencesstring[] | stringобязательный
Список последовательностей или АБСОЛЮТНЫЙ путь к FASTA-файлу, содержащему последовательности для выравнивания

gget_mutate

Мутирует нуклеотидные последовательности согласно предоставленным мутациям в стандартной аннотации.

Параметры

mutationsstring | string[]обязательный
Путь к CSV/TSV-файлу или мутации в виде строки/списка (например, 'c.2C>T' или ['c.2C>T', 'c.1A>C']) Требуется стандартный формат аннотации мутаций
sequencesstring | string[]обязательный
Путь к FASTA-файлу или последовательности в виде строки/списка (например, 'AGCTAGCT' или ['ACTG', 'ATCG'])

gget_opentargets

Запрашивает у OpenTargets заболевания, лекарства и другие данные, связанные с геном. ПРЕДВАРИТЕЛЬНОЕ ТРЕБОВАНИЕ: сначала используйте search_genes для получения Ensembl ID.

Параметры

ensembl_idstringобязательный
Идентификатор гена Ensembl (например, 'ENSG00000169194')
resourcestring
Тип информации - 'diseases' (заболевания), 'drugs' (лекарства), 'tractability' (поддаваемость терапии), 'pharmacogenetics' (фармакогенетика), 'expression' (экспрессия), 'depmap' (карта зависимостей), 'interactions' (взаимодействия)

gget_pdb

Извлеки структуру PDB и сохрани её в локальный файл в режиме stdio.

Параметры

formatstring
Формат вывода (в настоящее время поддерживает 'pdb')
output_pathstring | null
АБСОЛЮТНЫЙ путь к выходному файлу (например, '/home/user/structure.pdb'). ИЗБЕГАЙТЕ относительных путей, так как они вызывают проблемы с расположением файлов. Создаётся автоматически, если не указан.
pdb_idstringобязательный
PDB ID для запроса (например, '7S7U', '2GS6')
resourcestring
Тип информации — 'pdb' (структура), 'запись', 'pubmed', 'сборка'.

gget_ref

Получает FTP-ссылки на референсные геномы и аннотации по видам из Ensembl.

Параметры

speciesstring
Виды в формате "genus_species" (например, "homo_sapiens"). Поддерживаемые сокращения: "human", "mouse", "human_grch37"
whichstring | string[]
Какие результаты возвращать. Варианты: 'gtf', 'cdna', 'dna', 'cds', 'cdrna', 'pep', 'all'

gget_search

Общий поиск по любым биологическим терминам с использованием символов генов, названий или синонимов. Это общий поиск, который просматривает названия и описания генов в широком смысле. Для поиска по конкретному символу гена используйте search_genes_simple.

Параметры

search_termsstring | string[]обязательный
Поисковые запросы, названия или синонимы (например, 'cancer' или ['apoptosis', 'death'])
speciesstring
Целевой вид (например, 'homo_sapiens', 'mus_musculus')

gget_search_genes

Ищет конкретные гены по символам с улучшенной стратегией поиска. 🚀 ПОДДЕРЖКА ПАКЕТНОЙ ОБРАБОТКИ: Эта функция может обработать несколько генов за один вызов! Используйте этот инструмент В ПЕРВУЮ ОЧЕРЕДЬ, когда у вас есть названия/символы генов и нужно найти их Ensembl ID. Возвращает Ensembl ID, которые необходимы для инструментов get_gene_info и get_sequences. ВАЖНО: из-за ограничений поиска Ensembl короткие названия генов часто не находят результатов. Для лучшего результата указывайте описательные термины вместе с символами генов: РЕКОМЕНДУЕМЫЙ ФОРМАТ: "GENE_SYMBOL описательные_термины" Примеры: - Вместо: "APP" - Используйте: "APP amyloid precursor" или "APP amyloid beta precursor protein" - Вместо: ["BACE1", "MAPT"] - Используйте: ["BACE1 beta secretase", "MAPT microtubule tau"] Эта функция использует поиск AND для многословных терминов и поиск OR для отдельных слов.

Параметры

id_typestring
«gene» (по умолчанию) или «transcript» - возвращать гены или транскрипты.
search_termsstring | string[]обязательный
Один символ гена ИЛИ список символов генов с описательными терминами Один: 'APP амилоидный предшественник' Пакет: ['BACE1 бета-секретаза', 'MAPT тау', 'APOE аполипопротеин']
speciesstring
Целевой вид (например, 'homo_sapiens', 'mus_musculus')

gget_seq

Извлекает последовательности и сохраняет в локальный файл в режиме stdio. ПРЕДВАРИТЕЛЬНОЕ ТРЕБОВАНИЕ: сначала используйте search_genes, чтобы получить идентификаторы Ensembl по названиям/символам генов.

Параметры

ensembl_idsstring | string[]обязательный
Один или несколько идентификаторов генов Ensembl (например, 'ENSG00000141510' или ['ENSG00000141510']).
formatstring
Формат вывода (в настоящее время поддерживает 'fasta')
output_pathstring | null
АБСОЛЮТНЫЙ путь к выходному файлу (например, '/home/user/sequences.fasta'). ИЗБЕГАЙТЕ относительных путей, так как они вызывают проблемы с расположением файлов. Генерируется автоматически, если не указан.
translateboolean
Если True, возвращает аминокислотные последовательности; если False, возвращает нуклеотидные последовательности.

gget_setup

Устанавливает сторонние зависимости для указанных модулей gget.

Параметры

modulestringобязательный
Модуль gget устанавливает зависимости для: 'alphafold', 'cellxgene', 'elm', 'gpt' или 'cbio'.

`0.3.1`основная	13.10.2025
`0.3.0`	13.10.2025
`0.2.5`	09.07.2025
`0.2.4`	26.06.2025
`0.2.3`	26.06.2025
`0.2.2`	26.06.2025
`0.2.1`	26.06.2025
`0.1.3`	22.06.2025
`0.1.2`	22.06.2025
`0.1.0`	06.06.2025

Выберите клиент, чтобы установить longevity-genie/gget-mcp:

Любой клиент

Конфиг добавления MCP сервера стандартный, обычно он не меняется вообще, поэтому подходит практически к любому ИИ клиенту, поддерживающему MCP.

{
  "mcpServers": {
    "longevity-genie-gget-mcp-9pxgc8ur7x": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "--from",
        "gget-mcp@latest",
        "stdio"
      ]
    }
  }
}

Cursor

Перейдите по ссылке и сервер автоматически будет добавлен в Cursor. Либо откройте/создайте файл ~/.cursor/mcp.json(%USERPROFILE%\.cursor\mcp.json на Windows) и добавьте конфиг сервера:

{
  "mcpServers": {
    "longevity-genie-gget-mcp-9pxgc8ur7x": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "--from",
        "gget-mcp@latest",
        "stdio"
      ]
    }
  }
}

VS Code

Создайте .vscode/mcp.json в проекте (ключ верхнего уровня — servers):

{
  "servers": {
    "longevity-genie-gget-mcp-9pxgc8ur7x": {
      "type": "stdio",
      "command": "uvx",
      "args": [
        "--from",
        "gget-mcp@latest",
        "stdio"
      ]
    }
  }
}

Либо добавьте сервер через терминал:

code --add-mcp "{\"name\":\"longevity-genie-gget-mcp-9pxgc8ur7x\",\"type\":\"stdio\",\"command\":\"uvx\",\"args\":[\"--from\",\"gget-mcp@latest\",\"stdio\"]}"

Claude Desktop

Откройте Settings → Developer → Edit Config — это откроет файл claude_desktop_config.json:

macOS: ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json
Windows: %APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json

Впишите сервер и полностью перезапустите Claude Desktop:

{
  "mcpServers": {
    "longevity-genie-gget-mcp-9pxgc8ur7x": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "--from",
        "gget-mcp@latest",
        "stdio"
      ]
    }
  }
}

Claude Code

Добавьте сервер одной командой в терминале:

claude mcp add longevity-genie-gget-mcp-9pxgc8ur7x -- uvx --from gget-mcp@latest stdio

Либо через JSON-конфиг:

claude mcp add-json longevity-genie-gget-mcp-9pxgc8ur7x "{\"command\":\"uvx\",\"args\":[\"--from\",\"gget-mcp@latest\",\"stdio\"]}"

Codex

Добавьте сервер командой в терминале:

codex mcp add longevity-genie-gget-mcp-9pxgc8ur7x -- uvx --from gget-mcp@latest stdio

Либо вручную в ~/.codex/config.toml(%USERPROFILE%\.codex\config.toml на Windows):

[mcp_servers.longevity-genie-gget-mcp-9pxgc8ur7x]
command = "uvx"
args = ["--from", "gget-mcp@latest", "stdio"]

Perplexity

MCP доступен подписчикам Perplexity Pro / Max / Enterprise. Локальные серверы — только в приложении для macOS.

Откройте Настройки аккаунта → Connectors.
Установите вспомогательное приложение PerplexityXPC (один раз).
Нажмите Add Connector → вкладка Simple.
В поле Server Name укажите longevity-genie/gget-mcp, а в поле команды запуска — строку ниже:

uvx --from gget-mcp@latest stdio

Нажмите Save и дождитесь статуса Running.

Windsurf

Откройте Windsurf Settings → Cascade → MCP Servers или отредактируйте файл ~/.codeium/windsurf/mcp_config.json:

{
  "mcpServers": {
    "longevity-genie-gget-mcp-9pxgc8ur7x": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "--from",
        "gget-mcp@latest",
        "stdio"
      ]
    }
  }
}

Cline

В панели Cline нажмите иконку MCP Servers → Configure → Configure MCP Servers (или отредактируйте ~/.cline/mcp.json) и добавьте сервер:

{
  "mcpServers": {
    "longevity-genie-gget-mcp-9pxgc8ur7x": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "--from",
        "gget-mcp@latest",
        "stdio"
      ],
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
    }
  }
}

Continue

Создайте файл в .continue/mcpServers/ (например longevity-genie-gget-mcp-9pxgc8ur7x.yaml) или добавьте блок в config.yaml. MCP работает только в режиме agent:

mcpServers:
  - name: longevity-genie-gget-mcp-9pxgc8ur7x
    command: uvx
    args:
      - "--from"
      - "gget-mcp@latest"
      - "stdio"

Zed

Выполните agent: add context server или откройте настройки (zed: open settings file) и добавьте сервер в объект context_servers:

{
  "context_servers": {
    "longevity-genie-gget-mcp-9pxgc8ur7x": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "--from",
        "gget-mcp@latest",
        "stdio"
      ]
    }
  }
}

Конфиг для установки сервера

{
  "command": "uvx",
  "args": [
    "--from",
    "gget-mcp@latest",
    "stdio"
  ]
}

Нужен uvx

Сервер запускается через uvx
Без него ничего работать не будет.

Как установить uvx

Информация о сервере

Номер в рейтинге: #194
Звезд на Github: 33
Форков на Github: 9
Загрузок: 2 226
Язык реализации: Python
Лицензия: MIT
Официальный сервер: Нет
Дата обновления данных: 19.10 в 10:30
Идентификатор: xPQuxbKuIpgV67jm
Категории: Здоровье и медицина, Исследования и данные

longevity-genie/gget-mcp

gget-mcp

🚀 Quick Example: What Can You Do?

Часто задаваемые вопросы

Похожие MCP-сервера

longevity-genie/opengenes-mcp

ammawla/encode-toolkit

musharna/plant-genomics-mcp

tianqitang1/enrichr-mcp-server

cafferychen777/ChatSpatial

SidneyBissoli/medical-terminologies-mcp