Каталог MCP
longevity-genie/gget-mcp

longevity-genie/gget-mcp

MCP сервер для библиотеки gget: AI-ассистенты выполняют сложные запросы к геномным базам: поиск генов, BLAST и предсказание белков. Инструмент полезен биоинформатикам для анализа геномики через естественный язык.

README

20 инструментов

Версии

Установить сервер

gget-mcp

MCP (Model Context Protocol) server for the gget bioinformatics library.

gget-mcp Example

This server implements the Model Context Protocol (MCP) for gget, providing a standardized interface for accessing powerful bioinformatics tools and databases. MCP enables AI assistants and agents to perform complex genomics queries through structured interfaces.

The gget bioinformatics toolkit provides efficient querying of genomic databases and includes functions for:

Gene and sequence information retrieval
BLAST and sequence alignment
Protein structure prediction
Gene expression analysis
Functional enrichment analysis
And much more!

🚀 Quick Example: What Can You Do?

See how the gget MCP server works in practice with AI assistants

👤 User: "Analyze the TP53 gene - find its details and protein sequence, then check for cancer mutations"

🤖 AI Assistant: I'll help you analyze TP53 step by step:

[Uses gget_search] → Found TP53 (ENSG00000141510) on chromosome 17
[Uses gget_info] → TP53 is a protein-coding tumor suppressor gene
[Uses gget_seq with translate=True] → Retrieved 393 amino acid protein sequence
[Uses gget_cosmic] → Found hotspot mutations R175H, R248Q, R273H in multiple cancers

Инструменты были проиндексированы: 11.09.2026

gget_alphafold

Предсказать структуру белка с помощью AlphaFold и сохранить в локальный файл.

Gget Alphafold

Параметры

formatstring
Output format (currently supports 'pdb')
output_pathstring | null
ABSOLUTE path to output file (e.g., '/home/user/prediction.pdb'). AVOID relative paths as they cause file location issues. Auto-generated if not provided.
sequencestring | string[]обязательный
Amino acid sequence (string), list of sequences, or ABSOLUTE path to FASTA file

gget_archs4

Находит коррелирующие гены или атлас экспрессии тканей с использованием базы данных ARCHS4 RNA-seq.

Gget Archs4

Параметры

genestringобязательный
Gene symbol (e.g., 'STAT4') or Ensembl ID if ensembl=True (e.g., 'ENSG00000138378')
speciesstring
Target species - 'human' or 'mouse' (only for tissue expression atlas)
whichstring
Analysis type - 'correlation' (most correlated genes) or 'tissue' (tissue expression atlas)

gget_bgee

Получить данные об ортологах или экспрессии гена из базы данных Bgee. ПРЕДВАРИТЕЛЬНОЕ ТРЕБОВАНИЕ: сначала используйте search_genes, чтобы получить Ensembl ID.

Gget Bgee

Параметры

gene_idstringобязательный
Ensembl gene ID (e.g., 'ENSG00000012048' for BRCA1)
typestring
Type of data to retrieve - 'orthologs' or 'expression'

gget_blast

Выполняет BLAST-поиск нуклеотидной или аминокислотной последовательности по любой BLAST-базе данных.

Gget Blast

Параметры

databasestring
BLAST database - 'nt', 'nr', 'refseq_rna', 'refseq_protein', 'swissprot', or 'default' (auto-detect)
programstring
BLAST program - 'blastn', 'blastp', 'blastx', 'tblastn', 'tblastx', or 'default' (auto-detect)
sequencestringобязательный
Nucleotide or amino acid sequence (string) or path to FASTA file

gget_blat

Выполняет BLAT-поиск нуклеотидной или аминокислотной последовательности по любой BLAT-сборке UCSC.

Gget Blat

Параметры

assemblystring
Genome assembly - 'human' (hg38), 'mouse' (mm39), 'zebrafinch' (taeGut2)
sequencestringобязательный
Nucleotide or amino acid sequence (string) or path to FASTA file containing one sequence

gget_cellxgene

Запрашивает данные одноклеточного РНК-секвенирования из CZ CELLxGENE Discover с помощью Census. ПРИМЕЧАНИЕ: Запрос больших наборов данных требует >16 ГБ ОЗУ и >5 Мбит/с интернет-соединения.

Gget Cellxgene

Параметры

cell_typestring | string[] | null
Cell type(s) to query (e.g., ['mucus secreting cell'])
genestring | string[] | null
Gene name(s) or Ensembl ID(s) (e.g., ['ACE2', 'SLC5A1'])
speciesstring
Target species - 'homo_sapiens' or 'mus_musculus'
tissuestring | string[] | null
Tissue(s) to query (e.g., ['lung', 'blood'])

gget_cosmic

Ищет мутации рака в базе данных COSMIC или загружает базы данных COSMIC.

Gget Cosmic

Параметры

cosmic_tsv_pathstring | null
Path to COSMIC TSV file (optional, uses default if None)
searchtermstringобязательный
Gene symbol or name to search for (e.g., 'PIK3CA', 'BRCA1')

gget_diamond

Выравнивает последовательности с помощью DIAMOND и сохраняет в локальный файл.

Gget Diamond

Параметры

formatenum
Output format ('json' recommended, 'tsv' also supported)
output_pathstring | null
ABSOLUTE path to output file (e.g., '/home/user/alignment.json'). AVOID relative paths as they cause file location issues. Auto-generated if not provided.
referencestring | string[]обязательный
Reference sequences (string, list) or ABSOLUTE path to FASTA file with reference sequences
sequencesstring | string[]обязательный
Query sequences (string, list) or ABSOLUTE path to FASTA file with sequences to align against reference

gget_elm

Предсказывает эукариотические линейные мотивы локально по аминокислотной последовательности или UniProt ID.

Gget Elm

Параметры

sequencestringобязательный
Amino acid sequence or UniProt accession (if uniprot=True)
uniprotboolean
If True, input is UniProt accession instead of amino acid sequence

gget_enrichr

Выполняет функциональный анализ обогащения для списка генов с помощью Enrichr.

Gget Enrichr

Параметры

databasestring
Reference database shortcuts: 'pathway' (KEGG), 'transcription' (ChEA), 'ontology' (GO), 'diseases_drugs' (GWAS), 'celltypes' (PanglaoDB), 'kinase_interactions' (KEA)
genesstring[]обязательный
List of gene symbols (e.g., ['PHF14', 'RBM3']) or Ensembl IDs if ensembl=True
speciesstring
Species database - 'human', 'mouse', 'fly', 'yeast', 'worm', 'fish'

gget_info

Получает подробные метаданные генов и транскриптов по Ensembl ID. ПРЕДУСЛОВИЕ: Сначала используйте search_genes, чтобы получить Ensembl ID из названий/символов генов.

Gget Info

Параметры

ensembl_idsstring | string[]обязательный
One or more Ensembl gene IDs (e.g., 'ENSG00000141510' or ['ENSG00000141510']) Also supports WormBase and FlyBase IDs

gget_muscle

Выравнивает последовательности с помощью MUSCLE и сохраняет в локальный файл.

Мне нужно уточнить, что перевести — вы отправили только «Gget Muscle», а это не текст для перевода. Пожалуйста, пришлите исходный материал.

Параметры

formatenum
Output format ('fasta' for FASTA format, 'afa' for aligned FASTA format)
output_pathstring | null
ABSOLUTE path to output file (e.g., '/home/user/alignment.fasta'). AVOID relative paths as they cause file location issues. Auto-generated if not provided.
sequencesstring[] | stringобязательный
List of sequences or ABSOLUTE path to FASTA file containing sequences to be aligned

gget_mutate

Мутирует нуклеотидные последовательности согласно предоставленным мутациям в стандартной аннотации.

Gget Mutate

Параметры

mutationsstring | string[]обязательный
Path to CSV/TSV file or mutations as string/list (e.g., 'c.2C>T' or ['c.2C>T', 'c.1A>C']) Standard mutation annotation format required
sequencesstring | string[]обязательный
Path to FASTA file or sequences as string/list (e.g., 'AGCTAGCT' or ['ACTG', 'ATCG'])

gget_opentargets

Запрашивает у OpenTargets заболевания, лекарства и другие данные, связанные с геном. ПРЕДВАРИТЕЛЬНОЕ ТРЕБОВАНИЕ: сначала используйте search_genes для получения Ensembl ID.

Gget Opentargets

Параметры

ensembl_idstringобязательный
Ensembl gene ID (e.g., 'ENSG00000169194')
resourcestring
Type of information - 'diseases', 'drugs', 'tractability', 'pharmacogenetics', 'expression', 'depmap', 'interactions'

gget_pdb

Извлеки структуру PDB и сохрани её в локальный файл в режиме stdio.

Gget Pdb

Параметры

formatstring
Output format (currently supports 'pdb')
output_pathstring | null
ABSOLUTE path to output file (e.g., '/home/user/structure.pdb'). AVOID relative paths as they cause file location issues. Auto-generated if not provided.
pdb_idstringобязательный
PDB ID to query (e.g., '7S7U', '2GS6')
resourcestring
Type of information - 'pdb' (structure), 'entry', 'pubmed', 'assembly'

gget_ref

Получает FTP-ссылки на референсные геномы и аннотации по видам из Ensembl.

Gget Ref

Параметры

speciesstring
Species in format "genus_species" (e.g., "homo_sapiens"). Shortcuts supported: "human", "mouse", "human_grch37"
whichstring | string[]
Which results to return. Options: 'gtf', 'cdna', 'dna', 'cds', 'cdrna', 'pep', 'all'

gget_search

Общий поиск по любым биологическим терминам с использованием символов генов, названий или синонимов. Это общий поиск, который просматривает названия и описания генов в широком смысле. Для поиска по конкретному символу гена используйте search_genes_simple.

Поиск Gget

Параметры

search_termsstring | string[]обязательный
Search terms, names, or synonyms (e.g., 'cancer' or ['apoptosis', 'death'])
speciesstring
Target species (e.g., 'homo_sapiens', 'mus_musculus')

gget_search_genes

Ищет конкретные гены по символам с улучшенной стратегией поиска. 🚀 ПОДДЕРЖКА ПАКЕТНОЙ ОБРАБОТКИ: Эта функция может обработать несколько генов за один вызов! Используйте этот инструмент В ПЕРВУЮ ОЧЕРЕДЬ, когда у вас есть названия/символы генов и нужно найти их Ensembl ID. Возвращает Ensembl ID, которые необходимы для инструментов get_gene_info и get_sequences. ВАЖНО: из-за ограничений поиска Ensembl короткие названия генов часто не находят результатов. Для лучшего результата указывайте описательные термины вместе с символами генов: РЕКОМЕНДУЕМЫЙ ФОРМАТ: "GENE_SYMBOL описательные_термины" Примеры: - Вместо: "APP" - Используйте: "APP amyloid precursor" или "APP amyloid beta precursor protein" - Вместо: ["BACE1", "MAPT"] - Используйте: ["BACE1 beta secretase", "MAPT microtubule tau"] Эта функция использует поиск AND для многословных терминов и поиск OR для отдельных слов.

Gget Search Genes

Параметры

id_typestring
"gene" (default) or "transcript" - whether to return genes or transcripts
search_termsstring | string[]обязательный
SINGLE gene symbol OR LIST of gene symbols with descriptive terms Single: 'APP amyloid precursor' Batch: ['BACE1 beta secretase', 'MAPT tau', 'APOE apolipoprotein']
speciesstring
Target species (e.g., 'homo_sapiens', 'mus_musculus')

gget_seq

Извлекает последовательности и сохраняет в локальный файл в режиме stdio. ПРЕДВАРИТЕЛЬНОЕ ТРЕБОВАНИЕ: сначала используйте search_genes, чтобы получить идентификаторы Ensembl по названиям/символам генов.

Gget Seq

Параметры

ensembl_idsstring | string[]обязательный
One or more Ensembl gene IDs (e.g., 'ENSG00000141510' or ['ENSG00000141510'])
formatstring
Output format (currently supports 'fasta')
output_pathstring | null
ABSOLUTE path to output file (e.g., '/home/user/sequences.fasta'). AVOID relative paths as they cause file location issues. Auto-generated if not provided.
translateboolean
If True, returns amino acid sequences; if False, returns nucleotide sequences

gget_setup

Устанавливает сторонние зависимости для указанных модулей gget.

Установка Gget

Параметры

modulestringобязательный
gget module to install dependencies for - 'alphafold', 'cellxgene', 'elm', 'gpt', or 'cbio'

Github Сайт сервера

Конфиг для установки сервера

{
  "command": "uvx",
  "args": [
    "--from",
    "gget-mcp@latest",
    "stdio"
  ]
}

Нужен uvx

Сервер запускается через uvx
Без него ничего работать не будет.

Как установить uvx

FAQ

Для чего этот сервер?

Сервер gget-mcp соединяет AI-ассистентов с биоинформатическими инструментами gget. Он нужен, чтобы AI мог сам искать гены, доставать их последовательности, предсказывать структуры белков, анализировать мутации и обогащение путей — и всё это на обычном языке, без командной строки и кода. Это ускоряет геномные исследования, превращая сложные запросы в простой диалог.

Что он умеет?

Сервер ищет гены по символам и названиям, получает по ним Ensembl ID и метаданные, извлекает нуклеотидные и белковые последовательности, мутирует их по заданной аннотации. Выравнивает последовательности через BLAST, BLAT, MUSCLE и DIAMOND, ищет геномные позиции. Получает данные экспрессии из ARCHS4, Bgee и CellxGene, выполняет функциональное обогащение через Enrichr. Предсказывает структуры белков с AlphaFold и ELM, скачивает структуры из PDB. Ищет раковые мутации в COSMIC, ассоциации с болезнями и лекарствами через OpenTargets, работает с референсными геномами и настройкой модулей.

Информация о сервере

Номер в рейтинге: #195
Звезд на Github: 31
Форков на Github: 9
Загрузок: 2 285
Язык реализации: Python
Лицензия: MIT
Официальный сервер: Нет
Дата обновления данных: 07.09 в 05:41
Идентификатор: xPQuxbKuIpgV67jm
Категории: Биология и медицина, ИИ и машинное обучение, Исследования и данные, Открытые данные, Платформы данных