Добавить сервер
  1. Каталог MCP
  2. longevity-genie
longevity-genie/gget-mcp

longevity-genie/gget-mcp

от longevity-genie
MCP сервер для библиотеки gget: AI-ассистенты выполняют сложные запросы к геномным базам: поиск генов, BLAST и предсказание белков. Инструмент полезен биоинформатикам для анализа геномики через естественный язык.

gget-mcp

Tests PyPI version Python 3.10+ License: MIT Code style: ruff

MCP (Model Context Protocol) server for the gget bioinformatics library.

gget-mcp Example

This server implements the Model Context Protocol (MCP) for gget, providing a standardized interface for accessing powerful bioinformatics tools and databases. MCP enables AI assistants and agents to perform complex genomics queries through structured interfaces.

The gget bioinformatics toolkit provides efficient querying of genomic databases and includes functions for:

  • Gene and sequence information retrieval
  • BLAST and sequence alignment
  • Protein structure prediction
  • Gene expression analysis
  • Functional enrichment analysis
  • And much more!

🚀 Quick Example: What Can You Do?

See how the gget MCP server works in practice with AI assistants

👤 User: "Analyze the TP53 gene - find its details and protein sequence, then check for cancer mutations"

🤖 AI Assistant: I'll help you analyze TP53 step by step:

[Uses gget_search] → Found TP53 (ENSG00000141510) on chromosome 17
[Uses gget_info] → TP53 is a protein-coding tumor suppressor gene
[Uses gget_seq with translate=True] → Retrieved 393 amino acid protein sequence
[Uses gget_cosmic] → Found hotspot mutations R175H, R248Q, R273H in multiple cancers

gget_alphafold

Предсказать структуру белка с помощью AlphaFold и сохранить в локальный файл.

Предсказать структуру белка с помощью AlphaFold и сохранить в локальный файл.

Параметры

  • sequenceanyобязательный

    Amino acid sequence (string), list of sequences, or ABSOLUTE path to FASTA file

  • output_pathany

    ABSOLUTE path to output file (e.g., '/home/user/prediction.pdb'). AVOID relative paths as they cause file location issues. Auto-generated if not provided.

  • formatstring

    Output format (currently supports 'pdb')

gget_archs4

Найдите коррелированные гены или атлас экспрессии тканей с помощью базы данных RNA-seq ARCHS4.

Найдите коррелированные гены или атлас экспрессии тканей с помощью базы данных RNA-seq ARCHS4.

Параметры

  • genestringобязательный

    Gene symbol (e.g., 'STAT4') or Ensembl ID if ensembl=True (e.g., 'ENSG00000138378')

  • whichstring

    Analysis type - 'correlation' (most correlated genes) or 'tissue' (tissue expression atlas)

  • speciesstring

    Target species - 'human' or 'mouse' (only for tissue expression atlas)

gget_bgee

Получить данные об ортологах или экспрессии гена из базы данных Bgee. ПРЕДВАРИТЕЛЬНОЕ ТРЕБОВАНИЕ: сначала используйте search_genes, чтобы получить Ensembl ID.

Получить данные об ортологах или экспрессии гена из базы данных Bgee. ПРЕДВАРИТЕЛЬНОЕ ТРЕБОВАНИЕ: сначала используйте search_genes, чтобы получить Ensembl ID.

Параметры

  • gene_idstringобязательный

    Ensembl gene ID (e.g., 'ENSG00000012048' for BRCA1)

  • typestring

    Type of data to retrieve - 'orthologs' or 'expression'

gget_blast

Выполняет BLAST-поиск нуклеотидной или аминокислотной последовательности по любой BLAST-базе данных.

Выполняет BLAST-поиск нуклеотидной или аминокислотной последовательности по любой BLAST-базе данных.

Параметры

  • sequencestringобязательный

    Nucleotide or amino acid sequence (string) or path to FASTA file

  • programstring

    BLAST program - 'blastn', 'blastp', 'blastx', 'tblastn', 'tblastx', or 'default' (auto-detect)

  • databasestring

    BLAST database - 'nt', 'nr', 'refseq_rna', 'refseq_protein', 'swissprot', or 'default' (auto-detect)

gget_blat

Выполните BLAT нуклеотидной или аминокислотной последовательности по любой сборке UCSC.

Выполните BLAT нуклеотидной или аминокислотной последовательности по любой сборке UCSC.

Параметры

  • sequencestringобязательный

    Nucleotide or amino acid sequence (string) or path to FASTA file containing one sequence

  • assemblystring

    Genome assembly - 'human' (hg38), 'mouse' (mm39), 'zebrafinch' (taeGut2)

gget_cellxgene

Запросите данные одноклеточного RNA-seq из CZ CELLxGENE Discover с помощью Census. ПРИМЕЧАНИЕ: Запрос больших наборов данных требует >16 ГБ ОЗУ и >5 Мбит/с интернет-соединения.

Запросите данные одноклеточного RNA-seq из CZ CELLxGENE Discover с помощью Census. ПРИМЕЧАНИЕ: Запрос больших наборов данных требует >16 ГБ ОЗУ и >5 Мбит/с интернет-соединения.

Параметры

  • geneany

    Gene name(s) or Ensembl ID(s) (e.g., ['ACE2', 'SLC5A1'])

  • tissueany

    Tissue(s) to query (e.g., ['lung', 'blood'])

  • cell_typeany

    Cell type(s) to query (e.g., ['mucus secreting cell'])

  • speciesstring

    Target species - 'homo_sapiens' or 'mus_musculus'

gget_cosmic

Ищет мутации рака в базе данных COSMIC или загружает базы данных COSMIC.

Ищет мутации рака в базе данных COSMIC или загружает базы данных COSMIC.

Параметры

  • searchtermstringобязательный

    Gene symbol or name to search for (e.g., 'PIK3CA', 'BRCA1')

  • cosmic_tsv_pathany

    Path to COSMIC TSV file (optional, uses default if None)

gget_diamond

Выровняйте последовательности с помощью DIAMOND и сохраните в локальный файл.

Выровняйте последовательности с помощью DIAMOND и сохраните в локальный файл.

Параметры

  • sequencesanyобязательный

    Query sequences (string, list) or ABSOLUTE path to FASTA file with sequences to align against reference

  • referenceanyобязательный

    Reference sequences (string, list) or ABSOLUTE path to FASTA file with reference sequences

  • output_pathany

    ABSOLUTE path to output file (e.g., '/home/user/alignment.json'). AVOID relative paths as they cause file location issues. Auto-generated if not provided.

  • formatenum

    Output format ('json' recommended, 'tsv' also supported)

    jsontsv
gget_elm

Предсказывает эукариотические линейные мотивы локально по аминокислотной последовательности или UniProt ID.

Предсказывает эукариотические линейные мотивы локально по аминокислотной последовательности или UniProt ID.

Параметры

  • sequencestringобязательный

    Amino acid sequence or UniProt accession (if uniprot=True)

  • uniprotboolean

    If True, input is UniProt accession instead of amino acid sequence

gget_enrichr

Проведите функциональный анализ обогащения для списка генов, используя Enrichr.

Проведите функциональный анализ обогащения для списка генов, используя Enrichr.

Параметры

  • genesstring[]обязательный

    List of gene symbols (e.g., ['PHF14', 'RBM3']) or Ensembl IDs if ensembl=True

  • databasestring

    Reference database shortcuts: 'pathway' (KEGG), 'transcription' (ChEA), 'ontology' (GO), 'diseases_drugs' (GWAS), 'celltypes' (PanglaoDB), 'kinase_interactions' (KEA)

  • speciesstring

    Species database - 'human', 'mouse', 'fly', 'yeast', 'worm', 'fish'

gget_info

Получите подробные метаданные генов и транскриптов, используя идентификаторы Ensembl. ПРЕДВАРИТЕЛЬНОЕ ТРЕБОВАНИЕ: сначала используйте search_genes, чтобы получить идентификаторы Ensembl из названий/символов генов.

Получите подробные метаданные генов и транскриптов, используя идентификаторы Ensembl. ПРЕДВАРИТЕЛЬНОЕ ТРЕБОВАНИЕ: сначала используйте search_genes, чтобы получить идентификаторы Ensembl из названий/символов генов.

Параметры

  • ensembl_idsanyобязательный

    One or more Ensembl gene IDs (e.g., 'ENSG00000141510' or ['ENSG00000141510']) Also supports WormBase and FlyBase IDs

gget_muscle

Выравнивает последовательности с помощью MUSCLE и сохраняет в локальный файл.

Выравнивает последовательности с помощью MUSCLE и сохраняет в локальный файл.

Параметры

  • sequencesanyобязательный

    List of sequences or ABSOLUTE path to FASTA file containing sequences to be aligned

  • output_pathany

    ABSOLUTE path to output file (e.g., '/home/user/alignment.fasta'). AVOID relative paths as they cause file location issues. Auto-generated if not provided.

  • formatenum

    Output format ('fasta' for FASTA format, 'afa' for aligned FASTA format)

    fastaafa
gget_mutate

Мутируйте нуклеотидные последовательности в соответствии с предоставленными мутациями в стандартной аннотации.

Мутируйте нуклеотидные последовательности в соответствии с предоставленными мутациями в стандартной аннотации.

Параметры

  • sequencesanyобязательный

    Path to FASTA file or sequences as string/list (e.g., 'AGCTAGCT' or ['ACTG', 'ATCG'])

  • mutationsanyобязательный

    Path to CSV/TSV file or mutations as string/list (e.g., 'c.2C>T' or ['c.2C>T', 'c.1A>C']) Standard mutation annotation format required

gget_opentargets

Запросите OpenTargets для получения болезней, лекарств и других данных, связанных с геном. ПРЕДВАРИТЕЛЬНОЕ УСЛОВИЕ: сначала используйте search_genes, чтобы получить Ensembl ID.

Запросите OpenTargets для получения болезней, лекарств и других данных, связанных с геном. ПРЕДВАРИТЕЛЬНОЕ УСЛОВИЕ: сначала используйте search_genes, чтобы получить Ensembl ID.

Параметры

  • ensembl_idstringобязательный

    Ensembl gene ID (e.g., 'ENSG00000169194')

  • resourcestring

    Type of information - 'diseases', 'drugs', 'tractability', 'pharmacogenetics', 'expression', 'depmap', 'interactions'

gget_pdb

Извлеки структуру PDB и сохрани её в локальный файл в режиме stdio.

Извлеки структуру PDB и сохрани её в локальный файл в режиме stdio.

Параметры

  • pdb_idstringобязательный

    PDB ID to query (e.g., '7S7U', '2GS6')

  • resourcestring

    Type of information - 'pdb' (structure), 'entry', 'pubmed', 'assembly'

  • output_pathany

    ABSOLUTE path to output file (e.g., '/home/user/structure.pdb'). AVOID relative paths as they cause file location issues. Auto-generated if not provided.

  • formatstring

    Output format (currently supports 'pdb')

gget_ref

Получает FTP-ссылки на референсные геномы и аннотации по видам из Ensembl.

Получает FTP-ссылки на референсные геномы и аннотации по видам из Ensembl.

Параметры

  • speciesstring

    Species in format "genus_species" (e.g., "homo_sapiens"). Shortcuts supported: "human", "mouse", "human_grch37"

  • whichany

    Which results to return. Options: 'gtf', 'cdna', 'dna', 'cds', 'cdrna', 'pep', 'all'

gget_search

Общий поиск по любым биологическим терминам с использованием символов генов, названий или синонимов. Это общий поиск, который просматривает названия и описания генов в широком смысле. Для поиска по конкретному символу гена используйте search_genes_simple.

Общий поиск по любым биологическим терминам с использованием символов генов, названий или синонимов. Это общий поиск, который просматривает названия и описания генов в широком смысле. Для поиска по конкретному символу гена используйте search_genes_simple.

Параметры

  • search_termsanyобязательный

    Search terms, names, or synonyms (e.g., 'cancer' or ['apoptosis', 'death'])

  • speciesstring

    Target species (e.g., 'homo_sapiens', 'mus_musculus')

gget_search_genes

Ищет конкретные гены по символам с улучшенной стратегией поиска. 🚀 **ПОДДЕРЖКА ПАКЕТНОЙ ОБРАБОТКИ**: Эта функция может обработать несколько генов за один вызов! Используйте этот инструмент В ПЕРВУЮ ОЧЕРЕДЬ, когда у вас есть названия/символы генов и нужно найти их Ensembl ID. Возвращает Ensembl ID, которые необходимы для инструментов get_gene_info и get_sequences. ВАЖНО: из-за ограничений поиска Ensembl короткие названия генов часто не находят результатов. Для лучшего результата указывайте описательные термины вместе с символами генов: РЕКОМЕНДУЕМЫЙ ФОРМАТ: "GENE_SYMBOL описательные_термины" Примеры: - Вместо: "APP" - Используйте: "APP amyloid precursor" или "APP amyloid beta precursor protein" - Вместо: ["BACE1", "MAPT"] - Используйте: ["BACE1 beta secretase", "MAPT microtubule tau"] Эта функция использует поиск AND для многословных терминов и поиск OR для отдельных слов.

Ищет конкретные гены по символам с улучшенной стратегией поиска. 🚀 **ПОДДЕРЖКА ПАКЕТНОЙ ОБРАБОТКИ**: Эта функция может обработать несколько генов за один вызов! Используйте этот инструмент В ПЕРВУЮ ОЧЕРЕДЬ, когда у вас есть названия/символы генов и нужно найти их Ensembl ID. Возвращает Ensembl ID, которые необходимы для инструментов get_gene_info и get_sequences. ВАЖНО: из-за ограничений поиска Ensembl короткие названия генов часто не находят результатов. Для лучшего результата указывайте описательные термины вместе с символами генов: РЕКОМЕНДУЕМЫЙ ФОРМАТ: "GENE_SYMBOL описательные_термины" Примеры: - Вместо: "APP" - Используйте: "APP amyloid precursor" или "APP amyloid beta precursor protein" - Вместо: ["BACE1", "MAPT"] - Используйте: ["BACE1 beta secretase", "MAPT microtubule tau"] Эта функция использует поиск AND для многословных терминов и поиск OR для отдельных слов.

Параметры

  • search_termsanyобязательный

    SINGLE gene symbol OR LIST of gene symbols with descriptive terms Single: 'APP amyloid precursor' Batch: ['BACE1 beta secretase', 'MAPT tau', 'APOE apolipoprotein']

  • speciesstring

    Target species (e.g., 'homo_sapiens', 'mus_musculus')

  • id_typestring

    "gene" (default) or "transcript" - whether to return genes or transcripts

gget_seq

Извлекает последовательности и сохраняет в локальный файл в режиме stdio. ПРЕДВАРИТЕЛЬНОЕ ТРЕБОВАНИЕ: сначала используйте search_genes, чтобы получить идентификаторы Ensembl по названиям/символам генов.

Извлекает последовательности и сохраняет в локальный файл в режиме stdio. ПРЕДВАРИТЕЛЬНОЕ ТРЕБОВАНИЕ: сначала используйте search_genes, чтобы получить идентификаторы Ensembl по названиям/символам генов.

Параметры

  • ensembl_idsanyобязательный

    One or more Ensembl gene IDs (e.g., 'ENSG00000141510' or ['ENSG00000141510'])

  • translateboolean

    If True, returns amino acid sequences; if False, returns nucleotide sequences

  • output_pathany

    ABSOLUTE path to output file (e.g., '/home/user/sequences.fasta'). AVOID relative paths as they cause file location issues. Auto-generated if not provided.

  • formatstring

    Output format (currently supports 'fasta')

gget_setup

Установите сторонние зависимости для указанных модулей gget.

Установите сторонние зависимости для указанных модулей gget.

Параметры

  • modulestringобязательный

    gget module to install dependencies for - 'alphafold', 'cellxgene', 'elm', 'gpt', or 'cbio'

Другие проверенные MCP-сервера

vkhanhqui/figma-mcp-go

vkhanhqui/figma-mcp-go

Открытый Figma MCP-сервер с полным доступом на чтение и запись через плагин. Не требует API и не имеет лимитов — подходит дизайнерам и разработчикам. Работает с AI-инструментами. Управляйте стилями...

Go⭐ 1178
Rootly-AI-Labs/Rootly-MCP-server

Rootly-AI-Labs/Rootly-MCP-server

официальный

MCP сервер для управления инцидентами, дежурствами и оповещениями через Rootly API. Полезен SRE, инженерам и руководителям для автоматического реагирования, анализа и сокращения времени восстановления. Поддерживает Cursor, Claude, Windsurf и другие MCP клиенты.

Python⭐ 44
can4hou6joeng4/boss-agent-cli

can4hou6joeng4/boss-agent-cli

BOSS Agent CLI — 为 AI Agent 设计的 BOSS 直聘本地辅助工具。支持职位搜索、福利筛选（双休、五险一金等）、候选池管理，输出 JSON 信封。默认低风险只读模式，合规安全，适合求职者与招聘者。

Python⭐ 1399
0xMassi/webclaw

0xMassi/webclaw

MCP-сервер webclaw преобразует веб-страницы в чистый Markdown, JSON и LLM-контекст для AI-агентов. Работает локально, подключается к Claude/Cursor, скрапит, краулит и извлекает структурированные да...

Rust⭐ 1783
PSPDFKit/nutrient-dws-mcp-server

PSPDFKit/nutrient-dws-mcp-server

официальный

MCP-сервер для подключения AI-ассистентов к Nutrient DWS API: создавайте, редактируйте, конвертируйте и подписывайте документы через естественный язык. Полезен разработчикам, внедряющим документооб...

TypeScript⭐ 68
Azure/azure-mcp

Azure/azure-mcp

официальный

MCP-сервер для Azure, упрощающий подключение ИИ-агентов к облачным ресурсам. Разработчики используют его для безопасного доступа к данным и автоматизации операций. Интеграция с Azure AI и службами через единый протокол.

C#⭐ 1226
© Каталог MCP, 2026. Все права защищены.
Проект не аффилирован с Anthropic и любыми упомянутыми продуктами.
Все названия и торговые марки принадлежат их владельцам.
Контакты для связи: hi@mcp-katalog.ru

Лука Никитин