Каталог MCP
tianqitang1/enrichr-mcp-server

tianqitang1/enrichr-mcp-server

Q: Для чего этот сервер?

Этот сервер помогает LLM-ассистентам самостоятельно анализировать списки генов — находить биологические пути, болезни и молекулярные процессы, с которыми эти гены связаны. Вместо того чтобы просто перечислять гены, AI получает статистически значимые результаты обогащения из Enrichr и может осмысленно их интерпретировать. Полезен биоинформатикам и исследователям, которые хотят обсуждать данные с AI.

Q: Что он умеет?

Запускает обогатительный анализ генов через Enrichr: параллельно опрашивает несколько библиотек и возвращает только статистически значимые термины с p-value, odds ratio и перекрывающимися генами. По научному запросу подбирает подходящие библиотеки, фильтрует их по категориям и показывает каталог из 200+ библиотек. Выдаёт результаты в подробном, компактном или минимальном формате, сохраняет полные результаты в TSV, ведёт пользователя по шагам анализа с интерпретацией.

от tianqitang1

MCP инструмент для обогащения генных наборов через Enrichr. Помогает LLM-агентам запускать enrichment-анализ по 200+ библиотекам, параллельно опрашивая их и выдавая только статистически значимые те...

README

2 инструмента

Версии

Установить сервер

Enrichr MCP Server

A Model Context Protocol (MCP) server that provides gene set enrichment analysis using the Enrichr API. This server supports all available gene set libraries from Enrichr and returns only statistically significant results (corrected-$p$ < 0.05) for LLM tools to interpret.

Installation

Claude Desktop

Download the latest MCPB bundle (.mcpb file) and install it via ☰ (top left) -> File -> Settings, then drag and drop the file into the Settings window.

Cursor / VS Code

Use the buttons below to install with default settings:

Claude Code

claude mcp add enrichr-mcp-server -- npx -y enrichr-mcp-server

Or install as a Claude Code plugin:

/plugin install enrichr-mcp-server

Smithery

npx -y @smithery/cli install enrichr-mcp-server --client claude

Manual Configuration

Add to your MCP client config (e.g., .cursor/mcp.json):

{
  "mcpServers": {
    "enrichr-server": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "enrichr-mcp-server"]
    }
  }
}

Инструменты были проиндексированы: 10.09.2026

enrichr_analysisтолько чтениевнешний мир

Выполняет анализ обогащения генного набора с помощью Enrichr по нескольким библиотекам генного набора. Возвращает только статистически значимые термины (скорректированное p < 0.05). Настроенные библиотеки по умолчанию: - GO_Biological_Process_2026: Текущие термины биологических процессов Gene Ontology - биологические цели и программы, реализуемые генными продуктами. Выбор по умолчанию для обогащения по биологическим процессам GO. - KEGG_2026: Текущие метаболические и сигнальные пути KEGG - актуальный релиз KEGG; предпочтительнее старых версий KEGG. - Reactome_Pathways_2024: Текущий релиз Reactome - проверенные рецензентами пути для сигналинга, метаболизма, экспрессии генов и заболеваний. - MSigDB_Hallmark_2020: Эталонные генетические наборы, представляющие хорошо определённые биологические состояния и процессы из MSigDB. - ChEA_2022: Данные ChIP-seq из GEO, ENCODE и публикаций, идентифицирующие взаимодействия транскрипционных факторов с генами человека и мыши. - GWAS_Catalog_2025: Текущие результаты полногеномных исследований ассоциаций из каталога NHGRI-EBI GWAS, связывающие гены с признаками и заболеваниями человека. - Human_Phenotype_Ontology: Стандартизированный словарь фенотипических аномалий, связанных с заболеваниями человека. - PPI_Hub_Proteins: Высокосвязанные белки-хабы из сетей белок-белковых взаимодействий. - DGIdb_Drug_Targets_2024: Взаимодействия лекарств с генами из базы Drug Gene Interaction Database - таргетные мишени и их соединения. - CellMarker_2024: Вручную подобранные маркеры клеточных типов из базы CellMarker для человека и мыши. Принимается любая библиотека из живого каталога Enrichr. Enrichr постоянно добавляет и удаляет библиотеки, поэтому не полагайтесь на запомненный список: вызывайте suggest_libraries или читайте ресурс enrichr://libraries, чтобы узнать, какие библиотеки существуют в данный момент. Передайте 'background', чтобы проверить на пользовательском фоновом наборе генов (например, только гены, экспрессируемые в вашем анализе) вместо полногеномного значения по умолчанию Enrichr. Это статистически правильный выбор, когда список генов был взят из...

Enrichr Enrichment Analysis

Параметры

backgroundstring[]
Custom background gene set to test against instead of the whole genome — e.g. all genes detected in your experiment. Strongly recommended when the gene list came from a restricted universe (expressed genes, a targeted panel), since the whole-genome default inflates significance. Must contain the universe the gene list was drawn from, not just the gene list itself.
descriptionstring
Optional description for the gene list
formatenum
Output format
genesstring[]обязательный
List of gene symbols to analyze (e.g., ['TP53', 'BRCA1', 'EGFR'])
librariesstring[]
Enrichr libraries to query. Defaults to the configured libraries. Use suggest_libraries to discover valid names.
maxTermsinteger
Maximum terms to show per library
outputFilestring
Path to save complete results as TSV file

suggest_librariesтолько чтение

Предлагает подходящие библиотеки Enrichr для исследовательского вопроса. Используйте это перед enrichr_analysis, чтобы выбрать лучшие библиотеки для конкретной темы.

Предложить библиотеки Enrichr

Параметры

categoryenum
Filter by category
maxResultsinteger
Max results (default: 10)
querystringобязательный
Research context (e.g., 'DNA repair', 'breast cancer drug resistance')

Github Сайт сервера

Конфиг для установки сервера

{
  "command": "npx",
  "args": [
    "-y",
    "enrichr-mcp-server"
  ]
}

Нужен npx

Сервер запускается через npx
Без него ничего работать не будет.

Как установить npx

FAQ

Для чего этот сервер?

Этот сервер помогает LLM-ассистентам самостоятельно анализировать списки генов — находить биологические пути, болезни и молекулярные процессы, с которыми эти гены связаны. Вместо того чтобы просто перечислять гены, AI получает статистически значимые результаты обогащения из Enrichr и может осмысленно их интерпретировать. Полезен биоинформатикам и исследователям, которые хотят обсуждать данные с AI.

Что он умеет?

Запускает обогатительный анализ генов через Enrichr: параллельно опрашивает несколько библиотек и возвращает только статистически значимые термины с p-value, odds ratio и перекрывающимися генами. По научному запросу подбирает подходящие библиотеки, фильтрует их по категориям и показывает каталог из 200+ библиотек. Выдаёт результаты в подробном, компактном или минимальном формате, сохраняет полные результаты в TSV, ведёт пользователя по шагам анализа с интерпретацией.