Добавить сервер
tianqitang1/enrichr-mcp-server
  1. Каталог MCP
  2. tianqitang1/enrichr-mcp-server

tianqitang1/enrichr-mcp-server

от tianqitang1
MCP инструмент для обогащения генных наборов через Enrichr. Помогает LLM-агентам запускать enrichment-анализ по 200+ библиотекам, параллельно опрашивая их и выдавая только статистически значимые те...
GithubNPMСайт сервера

Enrichr MCP Server

Enrichr MCP Server Icon

A Model Context Protocol (MCP) server that provides gene set enrichment analysis using the Enrichr API. This server supports all available gene set libraries from Enrichr and returns only statistically significant results (corrected-$p$ < 0.05) for LLM tools to interpret.

Smithery

Installation

Claude Desktop

Download the latest MCPB bundle (.mcpb file) and install it via ☰ (top left) -> File -> Settings, then drag and drop the file into the Settings window.

Cursor / VS Code

Use the buttons below to install with default settings:

Install MCP Server Add to VS Code Add to VS Code Insiders

Claude Code
claude mcp add enrichr-mcp-server -- npx -y enrichr-mcp-server

Or install as a Claude Code plugin:

/plugin install enrichr-mcp-server
Smithery
npx -y @smithery/cli install enrichr-mcp-server --client claude
Manual Configuration

Add to your MCP client config (e.g., .cursor/mcp.json):

{
  "mcpServers": {
    "enrichr-server": {
      "command": "npx",
      "args": ["-y", "enrichr-mcp-server"]
    }
  }
}

Часто задаваемые вопросы

Инструменты были проиндексированы:
enrichr_analysisтолько чтениевнешний мир

Выполняет анализ обогащения генного набора с помощью Enrichr по нескольким библиотекам генного набора. Возвращает только статистически значимые термины (скорректированное p < 0.05). Настроенные библиотеки по умолчанию: - GO_Biological_Process_2026: Текущие термины биологических процессов Gene Ontology - биологические цели и программы, реализуемые генными продуктами. Выбор по умолчанию для обогащения по биологическим процессам GO. - KEGG_2026: Текущие метаболические и сигнальные пути KEGG - актуальный релиз KEGG; предпочтительнее старых версий KEGG. - Reactome_Pathways_2024: Текущий релиз Reactome - проверенные рецензентами пути для сигналинга, метаболизма, экспрессии генов и заболеваний. - MSigDB_Hallmark_2020: Эталонные генетические наборы, представляющие хорошо определённые биологические состояния и процессы из MSigDB. - ChEA_2022: Данные ChIP-seq из GEO, ENCODE и публикаций, идентифицирующие взаимодействия транскрипционных факторов с генами человека и мыши. - GWAS_Catalog_2025: Текущие результаты полногеномных исследований ассоциаций из каталога NHGRI-EBI GWAS, связывающие гены с признаками и заболеваниями человека. - Human_Phenotype_Ontology: Стандартизированный словарь фенотипических аномалий, связанных с заболеваниями человека. - PPI_Hub_Proteins: Высокосвязанные белки-хабы из сетей белок-белковых взаимодействий. - DGIdb_Drug_Targets_2024: Взаимодействия лекарств с генами из базы Drug Gene Interaction Database - таргетные мишени и их соединения. - CellMarker_2024: Вручную подобранные маркеры клеточных типов из базы CellMarker для человека и мыши. Принимается любая библиотека из живого каталога Enrichr. Enrichr постоянно добавляет и удаляет библиотеки, поэтому не полагайтесь на запомненный список: вызывайте suggest_libraries или читайте ресурс enrichr://libraries, чтобы узнать, какие библиотеки существуют в данный момент. Передайте 'background', чтобы проверить на пользовательском фоновом наборе генов (например, только гены, экспрессируемые в вашем анализе) вместо полногеномного значения по умолчанию Enrichr. Это статистически правильный выбор, когда список генов был взят из...

Enrichr Enrichment Analysis

Параметры
  • backgroundstring[]

    Набор фоновых генов для проверки вместо всего генома, например все гены, обнаруженные в вашем эксперименте. Настоятельно рекомендуется, когда список генов получен из ограниченного множества (экспрессирующиеся гены, таргетная панель), так как вариант по умолчанию со всем геномом завышает значимость. Должен содержать то множество, из которого взят список генов, а не только сам список генов.

  • descriptionstring

    Необязательное описание для списка генов.

  • formatenum

    Формат вывода

  • genesstring[]обязательный

    Список символов генов для анализа (например, ['TP53', 'BRCA1', 'EGFR'])

  • librariesstring[]

    Библиотеки Enrichr для запроса. По умолчанию используются настроенные библиотеки. Используйте suggest_libraries, чтобы узнать допустимые имена.

  • maxTermsinteger

    Максимум терминов на библиотеку

  • outputFilestring

    Путь для сохранения полных результатов в TSV-файл

suggest_librariesтолько чтение

Предлагает подходящие библиотеки Enrichr для исследовательского вопроса. Используйте это перед enrichr_analysis, чтобы выбрать лучшие библиотеки для конкретной темы.

Предложить библиотеки Enrichr

Параметры
  • categoryenum

    Фильтр по категории

  • maxResultsinteger

    Максимум результатов, по умолчанию 100.

  • querystringобязательный

    Контекст исследования (например, «репарация ДНК», «лекарственная устойчивость рака молочной железы»)

0.4.1основная
0.4.0
0.2.1
0.2.0
0.1.10
0.1.9
0.1.8
0.1.7
0.1.6
0.1.5
0.1.4
0.1.3
0.1.2
0.1.1
0.1.0

Выберите клиент, чтобы установить tianqitang1/enrichr-mcp-server:

Любой клиент

Конфиг добавления MCP сервера стандартный, обычно он не меняется вообще, поэтому подходит практически к любому ИИ клиенту, поддерживающему MCP.

{
  "mcpServers": {
    "tianqitang1-enrichr-mcp-server-portor9isi": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "enrichr-mcp-server"
      ]
    }
  }
}
CursorCursor

Перейдите по ссылке и сервер автоматически будет добавлен в Cursor. Либо откройте/создайте файл ~/.cursor/mcp.json(%USERPROFILE%\.cursor\mcp.json на Windows) и добавьте конфиг сервера:

{
  "mcpServers": {
    "tianqitang1-enrichr-mcp-server-portor9isi": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "enrichr-mcp-server"
      ]
    }
  }
}
VS Code

Создайте .vscode/mcp.json в проекте (ключ верхнего уровня — servers):

{
  "servers": {
    "tianqitang1-enrichr-mcp-server-portor9isi": {
      "type": "stdio",
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "enrichr-mcp-server"
      ]
    }
  }
}

Либо добавьте сервер через терминал:

code --add-mcp "{\"name\":\"tianqitang1-enrichr-mcp-server-portor9isi\",\"type\":\"stdio\",\"command\":\"npx\",\"args\":[\"-y\",\"enrichr-mcp-server\"]}"
ClaudeClaude Desktop

Откройте Settings → Developer → Edit Config — это откроет файл claude_desktop_config.json:

  • macOS: ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json
  • Windows: %APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json

Впишите сервер и полностью перезапустите Claude Desktop:

{
  "mcpServers": {
    "tianqitang1-enrichr-mcp-server-portor9isi": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "enrichr-mcp-server"
      ]
    }
  }
}
Claude CodeClaude Code

Добавьте сервер одной командой в терминале:

claude mcp add tianqitang1-enrichr-mcp-server-portor9isi -- npx -y enrichr-mcp-server

Либо через JSON-конфиг:

claude mcp add-json tianqitang1-enrichr-mcp-server-portor9isi "{\"command\":\"npx\",\"args\":[\"-y\",\"enrichr-mcp-server\"]}"
CodexCodex

Добавьте сервер командой в терминале:

codex mcp add tianqitang1-enrichr-mcp-server-portor9isi -- npx -y enrichr-mcp-server

Либо вручную в ~/.codex/config.toml(%USERPROFILE%\.codex\config.toml на Windows):

[mcp_servers.tianqitang1-enrichr-mcp-server-portor9isi]
command = "npx"
args = ["-y", "enrichr-mcp-server"]
PerplexityPerplexity

MCP доступен подписчикам Perplexity Pro / Max / Enterprise. Локальные серверы — только в приложении для macOS.

  1. Откройте Настройки аккаунта → Connectors.
  2. Установите вспомогательное приложение PerplexityXPC (один раз).
  3. Нажмите Add Connector → вкладка Simple.
  4. В поле Server Name укажите tianqitang1/enrichr-mcp-server, а в поле команды запуска — строку ниже:
npx -y enrichr-mcp-server

Нажмите Save и дождитесь статуса Running.

WindsurfWindsurf

Откройте Windsurf Settings → Cascade → MCP Servers или отредактируйте файл ~/.codeium/windsurf/mcp_config.json:

{
  "mcpServers": {
    "tianqitang1-enrichr-mcp-server-portor9isi": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "enrichr-mcp-server"
      ]
    }
  }
}
ClineCline

В панели Cline нажмите иконку MCP Servers → Configure → Configure MCP Servers (или отредактируйте ~/.cline/mcp.json) и добавьте сервер:

{
  "mcpServers": {
    "tianqitang1-enrichr-mcp-server-portor9isi": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "enrichr-mcp-server"
      ],
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
    }
  }
}
Continue

Создайте файл в .continue/mcpServers/ (например tianqitang1-enrichr-mcp-server-portor9isi.yaml) или добавьте блок в config.yaml. MCP работает только в режиме agent:

mcpServers:
  - name: tianqitang1-enrichr-mcp-server-portor9isi
    command: npx
    args:
      - "-y"
      - "enrichr-mcp-server"
Zed

Выполните agent: add context server или откройте настройки (zed: open settings file) и добавьте сервер в объект context_servers:

{
  "context_servers": {
    "tianqitang1-enrichr-mcp-server-portor9isi": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "-y",
        "enrichr-mcp-server"
      ]
    }
  }
}

Похожие MCP-сервера

longevity-genie/gget-mcp

longevity-genie/gget-mcp

от longevity-genie

MCP сервер для библиотеки gget: AI-ассистенты выполняют сложные запросы к геномным базам: поиск генов, BLAST и предсказание белков. Инструмент полезен биоинформатикам для анализа геномики через естественный язык.

Python⭐ 33
OHNLP/omop_mcp

OHNLP/omop_mcp

от ohnlp

MCP сервер для маппинга клинических терминов в OMOP концепты через LLM. Использует OMOPHub API и батч-обработку CSV с выбором предпочтительных словарей (LOINC, SNOMED). Помогает унифицировать медицинские данные.

Python⭐ 41
MyMedi-AI/mymedi-ai-mcp-server

MyMedi-AI/mymedi-ai-mcp-server

от mymedi-ai

MCP-сервер для медицинского биллинга и клинической аналитики — 25 инструментов: проверка кодов, прогноз предварительного разрешения, поиск лекарств и поставщиков. Пять инструментов бесплатны без API-ключа. Полезен разработчикам ИИ-агентов и медицинским интеграторам.

JavaScript⭐ 3
wso2/fhir-mcp-server

wso2/fhir-mcp-server

официальный

от wso2

MCP сервер для FHIR API. Интегрирует AI-инструменты с медицинскими данными: поиск, чтение и запись ресурсов. Поддерживает SMART-on-FHIR аутентификацию и FHIRPath-фильтрацию. Для разработчиков и инт...

Python⭐ 137
NyxToolsDev/dicom-hl7-mcp-server

NyxToolsDev/dicom-hl7-mcp-server

от nyxtoolsdev

MCP инструмент для работы с медицинскими стандартами: DICOM, HL7v2, FHIR — с опциональным PACS. Ищет тэги, парсит сообщения, конвертирует между форматами, генерирует Mirth каналы. Полезен интеграто...

Python⭐ 5
ChristianHinge/dicom-mcp

ChristianHinge/dicom-mcp

от christianhinge

MCP-сервер для DICOM-систем: даёт AI-агентам возможность запрашивать метаданные пациентов и исследований, извлекать текст из PDF-отчётов, перемещать серии и исследования между узлами. Пригодится ин...

Python⭐ 103
© Каталог MCP, 2026. Все права защищены.
Проект не аффилирован с Anthropic и любыми упомянутыми продуктами.
Все названия и торговые марки принадлежат их владельцам.
Контакты для связи: hi@mcp-katalog.ru

Лука Никитин