Каталог MCP
OHNLP/omop_mcp

OHNLP/omop_mcp

MCP сервер для маппинга клинических терминов в OMOP концепты через LLM. Использует OMOPHub API и батч-обработку CSV с выбором предпочтительных словарей (LOINC, SNOMED). Помогает унифицировать медицинские данные.

README

Инструменты и схема сервера

Версии

Установить сервер

OMOP MCP Server

Model Context Protocol (MCP) server for mapping clinical terminology to Observational Medical Outcomes Partnership (OMOP) concepts using Large Language Models (LLMs). The vocabulary API is supported by OMOP HUB, and you can obtain an API key from omophub.com.

Demo Website

OMapper Screenshot

Overview

This server provides an agentic framework to standardize medical terms into the OMOP Common Data Model (CDM). It uses the OMOPHub API for vocabulary searching, concept suggestion, and terminology mapping.

Installation

Before configuring the MCP server, ensure you have:

uv installed on your system
- Install from: https://docs.astral.sh/uv/getting-started/installation/

Clone the repository

git clone https://github.com/OHNLP/omop_mcp.git
cd omop_mcp

Set up environment variables

Copy .env.template to .env and fill in your API credentials. You will need both an LLM provider key and an OMOPHUB_API_KEY (for vocabulary lookups).
```
cp .env.template .env
```

Configuration for Claude Desktop

Add the following configuration to your claude_desktop_config.json file:

У этого сервера пока нет списка инструментов.

Github Сайт сервера

Конфиг для установки сервера

{
  "command": "uv",
  "args": [
    "--directory",
    "<path-to-local-repo>",
    "run",
    "omop_mcp"
  ]
}

FAQ

Для чего этот сервер?

Сервер помогает исследователям и клиницистам автоматически переводить разрозненные медицинские термины в единые концепции OMOP CDM. Он использует языковые модели и словарный API OMOP Hub, чтобы сопоставлять свободный текст со стандартными кодами — LOINC, SNOMED, RxNorm и другими. Это избавляет от ручного маппинга и ускоряет подготовку данных для наблюдательных исследований.

Информация о сервере

Номер в рейтинге: #194
Звезд на Github: 40
Форков на Github: 9
Язык реализации: Python
Лицензия: NOASSERTION
Официальный сервер: Нет
Дата обновления данных: 10.09 в 22:25
Идентификатор: aJ5j1lFaHh_nvtBM
Категории: Биология и медицина, ИИ и машинное обучение

Похожие MCP-сервера

SidneyBissoli/medical-terminologies-mcp

MCP сервер для унифицированного доступа к глобальным медицинским терминологиям: ICD-11, LOINC, RxNorm, MeSH, ATC и другим. Более 30 инструментов для поиска кодов, сопоставления терминов и валидации...

tianqitang1/enrichr-mcp-server

MCP инструмент для обогащения генных наборов через Enrichr. Помогает LLM-агентам запускать enrichment-анализ по 200+ библиотекам, параллельно опрашивая их и выдавая только статистически значимые те...

NyxToolsDev/dicom-hl7-mcp-server

MCP инструмент для работы с медицинскими стандартами: DICOM, HL7v2, FHIR — с опциональным PACS. Ищет тэги, парсит сообщения, конвертирует между форматами, генерирует Mirth каналы. Полезен интеграто...

wso2/fhir-mcp-server

официальный

MCP сервер для FHIR API. Интегрирует AI-инструменты с медицинскими данными: поиск, чтение и запись ресурсов. Поддерживает SMART-on-FHIR аутентификацию и FHIRPath-фильтрацию. Для разработчиков и инт...

ChristianHinge/dicom-mcp

MCP-сервер для DICOM-систем: даёт AI-агентам возможность запрашивать метаданные пациентов и исследований, извлекать текст из PDF-отчётов, перемещать серии и исследования между узлами. Пригодится ин...

ammawla/encode-toolkit

MCP-сервер для геномных исследований: поиск по ENCODE, интеграция 14 баз (GTEx, ClinVar, GWAS) и запуск пайплайнов с генерацией методов - всё на естественном языке в Claude. Для биоинформатиков и г...