Для чего этот сервер?

Сервер помогает исследователям и клиницистам автоматически переводить разрозненные медицинские термины в единые концепции OMOP CDM. Он использует языковые модели и словарный API OMOP Hub, чтобы сопоставлять свободный текст со стандартными кодами — LOINC, SNOMED, RxNorm и другими. Это избавляет от ручного маппинга и ускоряет подготовку данных для наблюдательных исследований.

Каталог MCP
OHNLP/omop_mcp

OHNLP/omop_mcp

от ohnlp

MCP сервер для маппинга клинических терминов в OMOP концепты через LLM. Использует OMOPHub API и батч-обработку CSV с выбором предпочтительных словарей (LOINC, SNOMED). Помогает унифицировать медицинские данные.

Github Сайт сервера

README

Инструменты и схема сервера

Версии

Установить сервер

OMOP MCP Server

Model Context Protocol (MCP) server for mapping clinical terminology to Observational Medical Outcomes Partnership (OMOP) concepts using Large Language Models (LLMs). The vocabulary API is supported by OMOP HUB, and you can obtain an API key from omophub.com.

Demo Website

OMapper Screenshot

Overview

This server provides an agentic framework to standardize medical terms into the OMOP Common Data Model (CDM). It uses the OMOPHub API for vocabulary searching, concept suggestion, and terminology mapping.

Installation

Before configuring the MCP server, ensure you have:

uv installed on your system
- Install from: https://docs.astral.sh/uv/getting-started/installation/

Clone the repository

git clone https://github.com/OHNLP/omop_mcp.git
cd omop_mcp

Set up environment variables

Copy .env.template to .env and fill in your API credentials. You will need both an LLM provider key and an OMOPHUB_API_KEY (for vocabulary lookups).
```
cp .env.template .env
```

Configuration for Claude Desktop

Add the following configuration to your claude_desktop_config.json file:

Часто задаваемые вопросы

У этого сервера пока нет списка инструментов.

Выберите клиент, чтобы установить OHNLP/omop_mcp:

Любой клиент

Конфиг добавления MCP сервера стандартный, обычно он не меняется вообще, поэтому подходит практически к любому ИИ клиенту, поддерживающему MCP.

{
  "mcpServers": {
    "ohnlp-omopmcp-ous82dnjs1": {
      "command": "uv",
      "args": [
        "--directory",
        "<path-to-local-repo>",
        "run",
        "omop_mcp"
      ]
    }
  }
}

Cursor

Перейдите по ссылке и сервер автоматически будет добавлен в Cursor. Либо откройте/создайте файл ~/.cursor/mcp.json(%USERPROFILE%\.cursor\mcp.json на Windows) и добавьте конфиг сервера:

{
  "mcpServers": {
    "ohnlp-omopmcp-ous82dnjs1": {
      "command": "uv",
      "args": [
        "--directory",
        "<path-to-local-repo>",
        "run",
        "omop_mcp"
      ]
    }
  }
}

VS Code

Создайте .vscode/mcp.json в проекте (ключ верхнего уровня — servers):

{
  "servers": {
    "ohnlp-omopmcp-ous82dnjs1": {
      "type": "stdio",
      "command": "uv",
      "args": [
        "--directory",
        "<path-to-local-repo>",
        "run",
        "omop_mcp"
      ]
    }
  }
}

Либо добавьте сервер через терминал:

code --add-mcp "{\"name\":\"ohnlp-omopmcp-ous82dnjs1\",\"type\":\"stdio\",\"command\":\"uv\",\"args\":[\"--directory\",\"<path-to-local-repo>\",\"run\",\"omop_mcp\"]}"

Claude Desktop

Откройте Settings → Developer → Edit Config — это откроет файл claude_desktop_config.json:

macOS: ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json
Windows: %APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json

Впишите сервер и полностью перезапустите Claude Desktop:

{
  "mcpServers": {
    "ohnlp-omopmcp-ous82dnjs1": {
      "command": "uv",
      "args": [
        "--directory",
        "<path-to-local-repo>",
        "run",
        "omop_mcp"
      ]
    }
  }
}

Claude Code

Добавьте сервер одной командой в терминале:

claude mcp add ohnlp-omopmcp-ous82dnjs1 -- uv --directory <path-to-local-repo> run omop_mcp

Либо через JSON-конфиг:

claude mcp add-json ohnlp-omopmcp-ous82dnjs1 "{\"command\":\"uv\",\"args\":[\"--directory\",\"<path-to-local-repo>\",\"run\",\"omop_mcp\"]}"

Codex

Добавьте сервер командой в терминале:

codex mcp add ohnlp-omopmcp-ous82dnjs1 -- uv --directory <path-to-local-repo> run omop_mcp

Либо вручную в ~/.codex/config.toml(%USERPROFILE%\.codex\config.toml на Windows):

[mcp_servers.ohnlp-omopmcp-ous82dnjs1]
command = "uv"
args = ["--directory", "<path-to-local-repo>", "run", "omop_mcp"]

Perplexity

MCP доступен подписчикам Perplexity Pro / Max / Enterprise. Локальные серверы — только в приложении для macOS.

Откройте Настройки аккаунта → Connectors.
Установите вспомогательное приложение PerplexityXPC (один раз).
Нажмите Add Connector → вкладка Simple.
В поле Server Name укажите OHNLP/omop_mcp, а в поле команды запуска — строку ниже:

uv --directory <path-to-local-repo> run omop_mcp

Нажмите Save и дождитесь статуса Running.

Windsurf

Откройте Windsurf Settings → Cascade → MCP Servers или отредактируйте файл ~/.codeium/windsurf/mcp_config.json:

{
  "mcpServers": {
    "ohnlp-omopmcp-ous82dnjs1": {
      "command": "uv",
      "args": [
        "--directory",
        "<path-to-local-repo>",
        "run",
        "omop_mcp"
      ]
    }
  }
}

Cline

В панели Cline нажмите иконку MCP Servers → Configure → Configure MCP Servers (или отредактируйте ~/.cline/mcp.json) и добавьте сервер:

{
  "mcpServers": {
    "ohnlp-omopmcp-ous82dnjs1": {
      "command": "uv",
      "args": [
        "--directory",
        "<path-to-local-repo>",
        "run",
        "omop_mcp"
      ],
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
    }
  }
}

Continue

Создайте файл в .continue/mcpServers/ (например ohnlp-omopmcp-ous82dnjs1.yaml) или добавьте блок в config.yaml. MCP работает только в режиме agent:

mcpServers:
  - name: ohnlp-omopmcp-ous82dnjs1
    command: uv
    args:
      - "--directory"
      - "<path-to-local-repo>"
      - "run"
      - "omop_mcp"

Zed

Выполните agent: add context server или откройте настройки (zed: open settings file) и добавьте сервер в объект context_servers:

{
  "context_servers": {
    "ohnlp-omopmcp-ous82dnjs1": {
      "command": "uv",
      "args": [
        "--directory",
        "<path-to-local-repo>",
        "run",
        "omop_mcp"
      ]
    }
  }
}

Конфиг для установки сервера

{
  "command": "uv",
  "args": [
    "--directory",
    "<path-to-local-repo>",
    "run",
    "omop_mcp"
  ]
}

Информация о сервере

Номер в рейтинге: #193
Звезд на Github: 41
Форков на Github: 10
Язык реализации: Python
Лицензия: NOASSERTION
Официальный сервер: Нет
Дата обновления данных: 18.10 в 01:49
Идентификатор: aJ5j1lFaHh_nvtBM
Категории: Здоровье и медицина

Похожие MCP-сервера

SidneyBissoli/medical-terminologies-mcp

от sidneybissoli

MCP сервер для унифицированного доступа к глобальным медицинским терминологиям: ICD-11, LOINC, RxNorm, MeSH, ATC и другим. Более 30 инструментов для поиска кодов, сопоставления терминов и валидации...

MyMedi-AI/mymedi-ai-mcp-server

от mymedi-ai

MCP-сервер для медицинского биллинга и клинической аналитики — 25 инструментов: проверка кодов, прогноз предварительного разрешения, поиск лекарств и поставщиков. Пять инструментов бесплатны без API-ключа. Полезен разработчикам ИИ-агентов и медицинским интеграторам.

wso2/fhir-mcp-server

официальный

от wso2

MCP сервер для FHIR API. Интегрирует AI-инструменты с медицинскими данными: поиск, чтение и запись ресурсов. Поддерживает SMART-on-FHIR аутентификацию и FHIRPath-фильтрацию. Для разработчиков и инт...

NyxToolsDev/dicom-hl7-mcp-server

от nyxtoolsdev

MCP инструмент для работы с медицинскими стандартами: DICOM, HL7v2, FHIR — с опциональным PACS. Ищет тэги, парсит сообщения, конвертирует между форматами, генерирует Mirth каналы. Полезен интеграто...

tianqitang1/enrichr-mcp-server

от tianqitang1

MCP инструмент для обогащения генных наборов через Enrichr. Помогает LLM-агентам запускать enrichment-анализ по 200+ библиотекам, параллельно опрашивая их и выдавая только статистически значимые те...

ChristianHinge/dicom-mcp

от christianhinge

MCP-сервер для DICOM-систем: даёт AI-агентам возможность запрашивать метаданные пациентов и исследований, извлекать текст из PDF-отчётов, перемещать серии и исследования между узлами. Пригодится ин...