Каталог MCP
musharna/plant-genomics-mcp

musharna/plant-genomics-mcp

Name: musharna/plant-genomics-mcp
Availability: InStock
Author: musharna

MCP-сервер с 32 инструментами для поиска и анализа геномных локусов растений. Использует 11 открытых источников (Ensembl Plants, Phytozome, UniProt и др.) для получения аннотаций, гомологов и путей...

Github Сайт сервера

README

Инструменты и схема сервера

Версии

Установить сервер

🌱 plant-genomics-mcp

Plant gene lookup over the Model Context Protocol. Give Claude, or any MCP client, a locus and it can query 23 free, public databases, from Ensembl Plants and UniProt to KEGG, STRING and AlphaFold, with curated coverage of 12 plants.

Bar chart of 156 answers per setup. Claude alone: 36 right, 3 wrong, 117 declined. Claude with web search: 151 right, 4 wrong, 1 declined. Claude with plant-genomics-mcp: 156 right
_{Method, timings and caveats: Does it help?}

📦 Install

# Zero-install — uv fetches and runs it on demand
claude mcp add plant-genomics --scope local -- uvx plant-genomics-mcp

Other install paths (pipx, Docker, from source)

# pipx — installs the CLI onto your PATH
pipx install plant-genomics-mcp
claude mcp add plant-genomics --scope local -- plant-genomics-mcp

# GHCR Docker image
docker pull ghcr.io/musharna/plant-genomics-mcp:latest
claude mcp add plant-genomics --scope local -- \
  docker run --rm -i ghcr.io/musharna/plant-genomics-mcp:latest

# From source
git clone https://github.com/musharna/plant-genomics-mcp.git
cd plant-genomics-mcp
python -m venv .venv && .venv/bin/pip install -e .
claude mcp add plant-genomics --scope local -- "$(pwd)/.venv/bin/plant-genomics-mcp"

У этого сервера пока нет списка инструментов.

Выберите клиент, чтобы установить musharna/plant-genomics-mcp:

Любой клиент

Конфиг добавления MCP сервера стандартный, обычно он не меняется вообще, поэтому подходит практически к любому ИИ клиенту, поддерживающему MCP.

{
  "mcpServers": {
    "musharna-plant-genomics-mcp-apas6c05xg": {
      "command": "docker",
      "args": [
        "run",
        "--rm",
        "-i",
        "ghcr.io/musharna/plant-genomics-mcp:latest"
      ]
    }
  }
}

Cursor

Перейдите по ссылке и сервер автоматически будет добавлен в Cursor. Либо откройте/создайте файл ~/.cursor/mcp.json(%USERPROFILE%\.cursor\mcp.json на Windows) и добавьте конфиг сервера:

{
  "mcpServers": {
    "musharna-plant-genomics-mcp-apas6c05xg": {
      "command": "docker",
      "args": [
        "run",
        "--rm",
        "-i",
        "ghcr.io/musharna/plant-genomics-mcp:latest"
      ]
    }
  }
}

VS Code

Создайте .vscode/mcp.json в проекте (ключ верхнего уровня — servers):

{
  "servers": {
    "musharna-plant-genomics-mcp-apas6c05xg": {
      "type": "stdio",
      "command": "docker",
      "args": [
        "run",
        "--rm",
        "-i",
        "ghcr.io/musharna/plant-genomics-mcp:latest"
      ]
    }
  }
}

Либо добавьте сервер через терминал:

code --add-mcp "{\"name\":\"musharna-plant-genomics-mcp-apas6c05xg\",\"type\":\"stdio\",\"command\":\"docker\",\"args\":[\"run\",\"--rm\",\"-i\",\"ghcr.io/musharna/plant-genomics-mcp:latest\"]}"

Claude Desktop

Откройте Settings → Developer → Edit Config — это откроет файл claude_desktop_config.json:

macOS: ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json
Windows: %APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json

Впишите сервер и полностью перезапустите Claude Desktop:

{
  "mcpServers": {
    "musharna-plant-genomics-mcp-apas6c05xg": {
      "command": "docker",
      "args": [
        "run",
        "--rm",
        "-i",
        "ghcr.io/musharna/plant-genomics-mcp:latest"
      ]
    }
  }
}

Claude Code

Добавьте сервер одной командой в терминале:

claude mcp add musharna-plant-genomics-mcp-apas6c05xg -- docker run --rm -i ghcr.io/musharna/plant-genomics-mcp:latest

Либо через JSON-конфиг:

claude mcp add-json musharna-plant-genomics-mcp-apas6c05xg "{\"command\":\"docker\",\"args\":[\"run\",\"--rm\",\"-i\",\"ghcr.io/musharna/plant-genomics-mcp:latest\"]}"

Codex

Добавьте сервер командой в терминале:

codex mcp add musharna-plant-genomics-mcp-apas6c05xg -- docker run --rm -i ghcr.io/musharna/plant-genomics-mcp:latest

Либо вручную в ~/.codex/config.toml(%USERPROFILE%\.codex\config.toml на Windows):

[mcp_servers.musharna-plant-genomics-mcp-apas6c05xg]
command = "docker"
args = ["run", "--rm", "-i", "ghcr.io/musharna/plant-genomics-mcp:latest"]

Perplexity

MCP доступен подписчикам Perplexity Pro / Max / Enterprise. Локальные серверы — только в приложении для macOS.

Откройте Настройки аккаунта → Connectors.
Установите вспомогательное приложение PerplexityXPC (один раз).
Нажмите Add Connector → вкладка Simple.
В поле Server Name укажите musharna/plant-genomics-mcp, а в поле команды запуска — строку ниже:

docker run --rm -i ghcr.io/musharna/plant-genomics-mcp:latest

Нажмите Save и дождитесь статуса Running.

Windsurf

Откройте Windsurf Settings → Cascade → MCP Servers или отредактируйте файл ~/.codeium/windsurf/mcp_config.json:

{
  "mcpServers": {
    "musharna-plant-genomics-mcp-apas6c05xg": {
      "command": "docker",
      "args": [
        "run",
        "--rm",
        "-i",
        "ghcr.io/musharna/plant-genomics-mcp:latest"
      ]
    }
  }
}

Cline

В панели Cline нажмите иконку MCP Servers → Configure → Configure MCP Servers (или отредактируйте ~/.cline/mcp.json) и добавьте сервер:

{
  "mcpServers": {
    "musharna-plant-genomics-mcp-apas6c05xg": {
      "command": "docker",
      "args": [
        "run",
        "--rm",
        "-i",
        "ghcr.io/musharna/plant-genomics-mcp:latest"
      ],
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
    }
  }
}

Continue

Создайте файл в .continue/mcpServers/ (например musharna-plant-genomics-mcp-apas6c05xg.yaml) или добавьте блок в config.yaml. MCP работает только в режиме agent:

mcpServers:
  - name: musharna-plant-genomics-mcp-apas6c05xg
    command: docker
    args:
      - "run"
      - "--rm"
      - "-i"
      - "ghcr.io/musharna/plant-genomics-mcp:latest"

Zed

Выполните agent: add context server или откройте настройки (zed: open settings file) и добавьте сервер в объект context_servers:

{
  "context_servers": {
    "musharna-plant-genomics-mcp-apas6c05xg": {
      "command": "docker",
      "args": [
        "run",
        "--rm",
        "-i",
        "ghcr.io/musharna/plant-genomics-mcp:latest"
      ]
    }
  }
}

Конфиг для установки сервера

{
  "command": "docker",
  "args": [
    "run",
    "--rm",
    "-i",
    "ghcr.io/musharna/plant-genomics-mcp:latest"
  ]
}

Информация о сервере

Номер в рейтинге: #197
Звезд на Github: 7
Форков на Github: 0
Язык реализации: Python
Лицензия: MIT
Официальный сервер: Нет
Дата обновления данных: 20.10 в 06:22
Идентификатор: cksvBF8HjeBviciD
Категории: Здоровье и медицина, Исследования и данные

Похожие MCP-сервера

longevity-genie/gget-mcp

от longevity-genie

MCP сервер для библиотеки gget: AI-ассистенты выполняют сложные запросы к геномным базам: поиск генов, BLAST и предсказание белков. Инструмент полезен биоинформатикам для анализа геномики через естественный язык.

ammawla/encode-toolkit

от ammawla

MCP-сервер для геномных исследований: поиск по ENCODE, интеграция 14 баз (GTEx, ClinVar, GWAS) и запуск пайплайнов с генерацией методов - всё на естественном языке в Claude. Для биоинформатиков и г...

neptun2000/heor-agent-mcp

от neptun2000

HEORAgent – MCP сервер для фармкомпаний и CRO. Автоматизирует обзор литературы (44 источника), оценку риска смещений, CEA/BIA моделирование и подготовку HTA досье для NICE, EMA, FDA. Упрощает HEOR-...

mlava/scholar-sidekick-mcp

от mlava

MCP-сервер для научных идентификаторов: преобразует DOI, PMID, arXiv в цитаты (10 000+ стилей CSL) и экспорт (BibTeX, RIS и др.), проверяет отзывы, открытый доступ и фабрикацию. Полезен исследовате...

pallaprolus/mendeley-mcp

от pallaprolus

MCP-сервер, который подключает вашу библиотеку Mendeley к ИИ-ассистентам вроде Claude. Ищите статьи, управляйте папками, читайте аннотации и даже извлекайте полный текст PDF. Незаменим для исследователей — работа с литературой через LLM становится быстрой и удобной.

cafferychen777/ChatSpatial

от cafferychen777

ChatSpatial - MCP-сервер для пространственной транскриптомики на естественном языке. Вместо генерации скриптов использует 20 инструментов и 65 методов - от загрузки до визуализации. Для Visium, Xen...