assaystring
Необязательное название анализа/метода. Определяется по темам EDAM (EBI OLS); запрос расширяется каноническим именем и точными синонимами (например, 'ChIP-seq' также соответствует 'ChIP-sequencing'/'ChIP-exo'). Неизвестный термин не даёт расширения; сбой OLS проявляется в ошибках. Результат расширения отображается в assay_expansion.
chemicalstring
Необязательное название химического вещества/соединения. Разрешается через ChEBI (EBI OLS); запрос расширяется каноническим названием и точными синонимами (например, 'caffeine' также соответствует '1,3,7-trimethylxanthine'), с ограничением на число синонимов. Неизвестный термин не даёт расширения; сбой OLS проявляется в ошибках. Результат расширения отражается в chemical_expansion.
collapse_mirrorsboolean
Включает консервативное дедублирование контента между репозиториями (по умолчанию false). В дополнение к всегда включенному дедублированию по точному DOI объединяет записи, которые являются ОДНИМ И ТЕМ ЖЕ набором данных, размещенным под разными DOI или без DOI, например зеркало Zenodo для депозита figshare, GEO<->ArrayExpress, в одну запись, помечая выжившую запись объединенными копиями в mirrors[]. Консервативный подход: для объединения требуется общая контрольная сумма файла ИЛИ совпадение (нормализованное название, фамилия первого автора, год); только по названию или частичному совпадению записи никогда не объединяются. Только в пределах страницы / по принципу best-effort (зеркало на другой странице не сворачивается), поэтому страница может вернуть меньше элементов, чем указано в size; пагинация не затрагивается.
cursorstring
Непрозрачный токен пагинации из next_cursor предыдущего поиска. Когда он установлен, все остальные параметры поиска считываются из курсора.
diseasestring
Необязательное название заболевания/фенотипа. Сопоставляется через MeSH (NCBI E-utilities); запрос расширяется каноническим дескриптором и синонимами входных терминов (например, 'breast cancer' также соответствует 'Breast Neoplasms'). Расширение отражается в mesh_expansion.
kindenum
Оставляйте только результаты такого рода.
multi_queryboolean
Включите multi-query recall expansion (расширение полноты поиска несколькими разными запросами): LLM генерирует до нескольких намеренно разнообразных переформулировок вашего запроса, каждая из них рассылается по всем источникам, а объединённый набор результатов без дубликатов повторно ранжируется относительно исходного запроса, благодаря чему находятся записи, которые одиночный запрос по ключевым словам пропустил бы. Требует в N раз больше обращений к источникам (ограничено). Нужен LLM-endpoint (LLM_API_BASE). Если он не настроен, поиск сводится к обычному одиночному запросу, и это фиксируется в errors['multi_query']. Использованные варианты возвращаются в query_expansion. Сочетается с understand=. ПРИМЕЧАНИЕ: multi_query=true ВСЕГДА семантически переранжирует окно на внутреннем уровне независимо от rank=; параметр rank= в этом режиме не действует.
organismstring
Необязательное название организма. Определяется через NCBI Taxonomy; запрос расширяется каноническим названием и синонимами (например, 'Orobanche aegyptiaca' также соответствует 'Phelipanche aegyptiaca'). Расширение отражается в taxon_expansion.
provenanceboolean
Включает полный RO-Crate 1.1 Run Crate для всего поиска (по умолчанию false). Прикрепляет provenance_crate{}: машиночитаемый манифест, описывающий этот поиск: запрос, запрошенные источники, сработавшие расширения онтологии, ошибки по источникам (раскрывается, что поиск частичный) и происхождение каждого результата (актуальность версии, лицензия + нормализованный SPDX, оценка FAIR). РЕТРАКЦИЯ по каждому результату не включается: для неё потребовался бы один вызов Crossref на каждый результат; для этого используйте per-record resolve(format=provenance). Охватывает только ЭТУ страницу поиска (внутри страницы; каждая страница постраничного поиска получает собственный crate).
published_afterinteger
Оставляет результаты с годом >= этого.
published_beforeinteger
Оставляет результаты с годом >= этого.
querystring
Поисковый запрос в свободной форме
rankenum
Порядок результатов. 'relevance' (по умолчанию) = порядок апстрима/после слияния. 'semantic' переранжирует загруженную страницу по сходству эмбеддингов с запросом (требуется EMBEDDING_API_BASE; при отсуствии настройки переходит на порядок relevance с примечанием errors['semantic']). В режиме semantic пагинация оконная (каждая страница полностью расходует загруженное окно).Порядок результатов. 'relevance' (по умолчанию) = порядок апстрима/после слияния. 'semantic' переранжирует загруженную страницу по сходству эмбеддингов с запросом (требуется EMBEDDING_API_BASE; при отсутствии настройки переходит на порядок relevance с примечанием errors['semantic']). В режиме semantic пагинация оконная (каждая страница полностью расходует загруженное окно).
sizeinteger
Максимум результатов, по умолчанию 100.
sourcesstring[]
Ограничивает fan-out следующими источниками (по умолчанию: все). Доступно: zenodo, dataone, gbif, cellxgene, datacite, dandi, omics, literature, huggingface, datagov, nasacmr, omicsdi, openml, pdb, uniprot, gwas, biostudies
tissuestring
Необязательное название ткани или анатомической структуры. Разрешается через UBERON (EBI OLS); запрос расширяется каноническим термином и точными синонимами (например, 'liver' также соответствует 'iecur'/'jecur'). Расширение отображается в tissue_expansion.
understandboolean
Включите понимание запросов через LLM: свободный текстовый запрос переписывается в ключевое ядро + структурированные параметры (organism/disease/tissue/chemical/assay, kind, year) перед фан-аутом; извлечённые сущности проверяются теми же резолверами онтологии (галлюцинированная сущность, которую не удаётся резолвить, просто отбрасывается), явные параметры, которые вы передаёте, всегда имеют приоритет, а интерпретация отражается в query_understanding. Требует LLM-эндпоинт (LLM_API_BASE); если он не настроен, поиск выполняется без изменений и отмечает это в errors['understand'].
