Добавить сервер
cafferychen777/ChatSpatial
  1. Каталог MCP
  2. cafferychen777/ChatSpatial

cafferychen777/ChatSpatial

от cafferychen777
ChatSpatial - MCP-сервер для пространственной транскриптомики на естественном языке. Вместо генерации скриптов использует 20 инструментов и 65 методов - от загрузки до визуализации. Для Visium, Xen...
GithubPyPiСайт сервера

ChatSpatial

MCP server for spatial transcriptomics analysis via natural language

Paper MLGenX @ ICLR 2026 ENAR 2026 IBC 2026 CI PyPI Python 3.11-3.14 License: MIT Docs Docker

ChatSpatial Overview

ChatSpatial replaces ad-hoc LLM code generation with schema-enforced orchestration. Instead of generating arbitrary scripts, the LLM selects tools and parameters from a curated registry, making spatial transcriptomics workflows more reproducible across sessions and clients.

ChatSpatial exposes 20 schema-validated MCP tools that orchestrate 65 spatial transcriptomics methods across 13 analytical categories. The tools are the stable natural-language interface; the methods are the analysis backends selected through tool parameters.

The server implements MCP 2026-07-28 through the official Python SDK v2 and continues to serve 2025-11-25 clients through SDK-managed protocol negotiation. STDIO remains the secure local default; Streamable HTTP is available for explicitly configured HTTP deployments.

Start Here

Install uv once, then register ChatSpatial without creating or managing a Python environment:

Codex:

codex mcp add chatspatial -- uvx --from chatspatial chatspatial server

Часто задаваемые вопросы

Инструменты были проиндексированы:
analyze_cell_communicationидемпотентныйвнешний мир

Анализирует паттерны межклеточной коммуникации и взаимодействий лиганд-рецептор. Аргументы: data_id: идентификатор набора данных params: обязательные параметры - species, cell_type_key и method. Для мыши с liana укажите liana_resource='mouseconsensus'.

Параметры
  • data_idstringобязательный
  • paramsanyобязательный
analyze_cnvидемпотентный

Анализирует вариации числа копий (CNVs) в данных пространственной транскриптомики. Аргументы: data_id: Идентификатор набора данных params: Обязательные - reference_key, reference_categories, и необязательные method/thresholds.

Параметры
  • data_idstringобязательный
  • paramsanyобязательный
analyze_enrichmentидемпотентныйвнешний мир

Выполняет анализ обогащения генных наборов. Аргументы: data_id: идентификатор набора данных params: обязательно, должен быть указан вид. См. EnrichmentParameters: методы и опции gene_set_database.

Параметры
  • data_idstringобязательный
  • paramsanyобязательный
analyze_spatial_statisticsидемпотентный

Анализирует пространственную статистику и паттерны автокорреляции. Аргументы: data_id: Идентификатор набора данных params: Параметры анализа (analysis_type, cluster_key, genes). См. SpatialStatisticsParameters для всех типов.

Параметры
  • data_idstringобязательный
  • paramsany | null
analyze_trajectory_data

Выводит клеточные траектории и упорядочивание по псевдовремени. Аргументы: data_id: идентификатор набора данных params: параметры траектории (method, root_cell, spatial_weight и т.д.)

Параметры
  • data_idstringобязательный
  • paramsany | null
analyze_velocity_data

Анализирует RNA velocity, чтобы понять клеточную динамику. Требует слоев 'spliced' и 'unspliced'. Аргументы: data_id: Идентификатор набора данных params: Параметры RNA velocity (method, scvelo_mode и т.д.)

Параметры
  • data_idstringобязательный
  • paramsany | null
annotate_cell_typesвнешний мир

Аннотирует типы клеток в данных пространственной транскриптомики. Аргументы: data_id: идентификатор набора данных params: параметры аннотации (method, reference_data_id, cell_type_key и т.д.) Примечание: эталонные методы (tangram, scanvi) требуют предварительной обработки reference_data_id.

Параметры
  • data_idstringобязательный
  • paramsany | null
compare_conditionsидемпотентный

Сравнивает экспериментальные условия с помощью псевдобулк-дифференциальной экспрессии (DESeq2). Аргументы: data_id: идентификатор набора данных params: обязательные - condition_key, condition1, condition2, sample_key и т.д.

Параметры
  • data_idstringобязательный
  • paramsanyобязательный
compute_embeddings

Вычисляет снижение размерности (PCA, UMAP), кластеризацию и графы соседей. Аргументы: data_id: идентификатор набора данных params: параметры эмбеддинга (PCA, UMAP, кластеризация и т. д.)

Параметры
  • data_idstringобязательный
  • paramsany | null
deconvolve_dataвнешний мир

Разделяет пространственные пятна, чтобы оценить пропорции типов клеток. Аргументы: data_id: идентификатор набора данных params: Обязательный: method, cell_type_key, reference_data_id. См. DeconvolutionParameters для всех методов и опций.

Параметры
  • data_idstringобязательный
  • paramsanyобязательный
export_dataидемпотентныйвнешний мир

Экспортирует набор данных на диск для доступа внешних скриптов. Аргументы: data_id: Идентификатор набора данных для экспорта path: Пользовательский путь (по умолчанию: ~/.chatspatial/active/{data_id}.h5ad) Возвращает: Абсолютный путь, куда были экспортированы данные

Параметры
  • data_idstringобязательный
  • pathstring | null
find_markersидемпотентный

Находит гены с дифференциальной экспрессией между группами. Аргументы: data_id: идентификатор набора данных params: обязателен group_key, опциональны method, group1/group2, n_top_genes и т.д.

Параметры
  • data_idstringобязательный
  • paramsanyобязательный
find_spatial_genesидемпотентный

Выявляет пространственно вариабельные гены. Аргументы: data_id: Идентификатор набора данных params: Параметры пространственно вариабельных генов (method, n_top_genes и т. д.)

Параметры
  • data_idstringобязательный
  • paramsany | null
identify_spatial_domains

Определяет пространственные домены и архитектуру ткани. Аргументы: data_id: идентификатор набора данных params: параметры пространственных доменов (method, n_domains, resolution и т. д.)

Параметры
  • data_idstringобязательный
  • paramsany | null
integrate_samples

Интегрирует несколько образцов пространственной транскриптомики в единый набор данных. Аргументы: data_ids: список идентификаторов наборов данных для интеграции params: параметры интеграции (method, batch_key, n_pcs и т.д.)

Параметры
  • data_idsstring[]обязательный
  • paramsany | null
load_dataвнешний мир

Загружает данные пространственной транскриптомики с полным профилем метаданных. Аргументы: data_path: путь к файлу данных или каталогу data_type: 'visium', 'xenium', 'slide_seq', 'merfish', 'seqfish' или 'generic' name: необязательное имя набора данных Возвращает: SpatialDataset с количеством клеток/генов и профилями метаданных

Параметры
  • data_pathstringобязательный
  • data_typestringобязательный
  • namestring | null
preprocess_data

Предобрабатывает данные пространственной транскриптомики (QC, нормализация, HVGs, PCA, кластеризация, пространственные соседи). Аргументы: data_id: ID набора данных params: Параметры предобработки (у всех есть разумные значения по умолчанию)

Параметры
  • data_idstringобязательный
  • paramsany | null
register_spatial_data

Регистрирует/выравнивает данные пространственной транскриптомики между срезами Аргументы: source_id: Идентификатор исходного набора данных target_id: Идентификатор целевого набора данных для выравнивания params: Параметры регистрации (метод, настройки выравнивания и т.д.) Возвращает: Результат регистрации с методом, идентификаторами наборов данных, количеством спотов и зарегистрированным пространственным ключом.

Параметры
  • paramsany | null
  • source_idstringобязательный
  • target_idstringобязательный
reload_dataидемпотентныйвнешний мир

Перезагружает набор данных с диска после внешних изменений скрипта. Аргументы: data_id: идентификатор набора данных для перезагрузки (должен существовать в памяти MCP) path: пользовательский путь (по умолчанию: ~/.chatspatial/active/{data_id}.h5ad) Возвращает: Сводку перезагруженного набора данных

Параметры
  • data_idstringобязательный
  • pathstring | null
visualize_dataвнешний мир

Визуализирует данные пространственной транскриптомики. Задайте plot_type и subtype в params; полный список опций см. в схеме VisualizationParameters. Аргументы: data_id: идентификатор набора данных params: параметры визуализации (plot_type, subtype, genes, output_format, dpi и т. д.)

Параметры
  • data_idstringобязательный
  • paramsany | null
1.5.10основная
1.5.9
1.5.8
1.5.7
1.5.6
1.5.5
1.5.3
1.5.2
1.5.1
1.5.0
1.4.0
1.3.8
1.3.7
1.3.6
1.3.5
1.3.4
1.3.3
1.3.2
1.3.1
1.3.0
1.2.10
1.2.8
1.2.7
1.2.6
1.2.5
1.2.4
1.2.1
1.2.0
1.1.6
1.1.5
1.1.4
1.1.3
1.1.2
1.1.1
1.1.0
1.0.3
1.0.2
1.0.1
1.0.0

Выберите клиент, чтобы установить cafferychen777/ChatSpatial:

Любой клиент

Конфиг добавления MCP сервера стандартный, обычно он не меняется вообще, поэтому подходит практически к любому ИИ клиенту, поддерживающему MCP.

{
  "mcpServers": {
    "cafferychen777-chatspatial-t9ckwcyr63": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "--from",
        "chatspatial",
        "chatspatial",
        "server"
      ]
    }
  }
}
CursorCursor

Перейдите по ссылке и сервер автоматически будет добавлен в Cursor. Либо откройте/создайте файл ~/.cursor/mcp.json(%USERPROFILE%\.cursor\mcp.json на Windows) и добавьте конфиг сервера:

{
  "mcpServers": {
    "cafferychen777-chatspatial-t9ckwcyr63": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "--from",
        "chatspatial",
        "chatspatial",
        "server"
      ]
    }
  }
}
VS Code

Создайте .vscode/mcp.json в проекте (ключ верхнего уровня — servers):

{
  "servers": {
    "cafferychen777-chatspatial-t9ckwcyr63": {
      "type": "stdio",
      "command": "uvx",
      "args": [
        "--from",
        "chatspatial",
        "chatspatial",
        "server"
      ]
    }
  }
}

Либо добавьте сервер через терминал:

code --add-mcp "{\"name\":\"cafferychen777-chatspatial-t9ckwcyr63\",\"type\":\"stdio\",\"command\":\"uvx\",\"args\":[\"--from\",\"chatspatial\",\"chatspatial\",\"server\"]}"
ClaudeClaude Desktop

Откройте Settings → Developer → Edit Config — это откроет файл claude_desktop_config.json:

  • macOS: ~/Library/Application Support/Claude/claude_desktop_config.json
  • Windows: %APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json

Впишите сервер и полностью перезапустите Claude Desktop:

{
  "mcpServers": {
    "cafferychen777-chatspatial-t9ckwcyr63": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "--from",
        "chatspatial",
        "chatspatial",
        "server"
      ]
    }
  }
}
Claude CodeClaude Code

Добавьте сервер одной командой в терминале:

claude mcp add cafferychen777-chatspatial-t9ckwcyr63 -- uvx --from chatspatial chatspatial server

Либо через JSON-конфиг:

claude mcp add-json cafferychen777-chatspatial-t9ckwcyr63 "{\"command\":\"uvx\",\"args\":[\"--from\",\"chatspatial\",\"chatspatial\",\"server\"]}"
CodexCodex

Добавьте сервер командой в терминале:

codex mcp add cafferychen777-chatspatial-t9ckwcyr63 -- uvx --from chatspatial chatspatial server

Либо вручную в ~/.codex/config.toml(%USERPROFILE%\.codex\config.toml на Windows):

[mcp_servers.cafferychen777-chatspatial-t9ckwcyr63]
command = "uvx"
args = ["--from", "chatspatial", "chatspatial", "server"]
PerplexityPerplexity

MCP доступен подписчикам Perplexity Pro / Max / Enterprise. Локальные серверы — только в приложении для macOS.

  1. Откройте Настройки аккаунта → Connectors.
  2. Установите вспомогательное приложение PerplexityXPC (один раз).
  3. Нажмите Add Connector → вкладка Simple.
  4. В поле Server Name укажите cafferychen777/ChatSpatial, а в поле команды запуска — строку ниже:
uvx --from chatspatial chatspatial server

Нажмите Save и дождитесь статуса Running.

WindsurfWindsurf

Откройте Windsurf Settings → Cascade → MCP Servers или отредактируйте файл ~/.codeium/windsurf/mcp_config.json:

{
  "mcpServers": {
    "cafferychen777-chatspatial-t9ckwcyr63": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "--from",
        "chatspatial",
        "chatspatial",
        "server"
      ]
    }
  }
}
ClineCline

В панели Cline нажмите иконку MCP Servers → Configure → Configure MCP Servers (или отредактируйте ~/.cline/mcp.json) и добавьте сервер:

{
  "mcpServers": {
    "cafferychen777-chatspatial-t9ckwcyr63": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "--from",
        "chatspatial",
        "chatspatial",
        "server"
      ],
      "disabled": false,
      "autoApprove": []
    }
  }
}
Continue

Создайте файл в .continue/mcpServers/ (например cafferychen777-chatspatial-t9ckwcyr63.yaml) или добавьте блок в config.yaml. MCP работает только в режиме agent:

mcpServers:
  - name: cafferychen777-chatspatial-t9ckwcyr63
    command: uvx
    args:
      - "--from"
      - "chatspatial"
      - "chatspatial"
      - "server"
Zed

Выполните agent: add context server или откройте настройки (zed: open settings file) и добавьте сервер в объект context_servers:

{
  "context_servers": {
    "cafferychen777-chatspatial-t9ckwcyr63": {
      "command": "uvx",
      "args": [
        "--from",
        "chatspatial",
        "chatspatial",
        "server"
      ]
    }
  }
}

Похожие MCP-сервера

ammawla/encode-toolkit

ammawla/encode-toolkit

от ammawla

MCP-сервер для геномных исследований: поиск по ENCODE, интеграция 14 баз (GTEx, ClinVar, GWAS) и запуск пайплайнов с генерацией методов - всё на естественном языке в Claude. Для биоинформатиков и г...

Python⭐ 21
longevity-genie/gget-mcp

longevity-genie/gget-mcp

от longevity-genie

MCP сервер для библиотеки gget: AI-ассистенты выполняют сложные запросы к геномным базам: поиск генов, BLAST и предсказание белков. Инструмент полезен биоинформатикам для анализа геномики через естественный язык.

Python⭐ 33
connerlambden/bgpt-mcp

connerlambden/bgpt-mcp

от connerlambden

Сервер BGPT даёт AI-помощникам и Python-скриптам доступ к структурированным данным из научных статей: методам, результатам и выводам. Незаменим для обзоров литературы и проверки гипотез.

JavaScript⭐ 43
musharna/plant-genomics-mcp

musharna/plant-genomics-mcp

от musharna

MCP-сервер с 32 инструментами для поиска и анализа геномных локусов растений. Использует 11 открытых источников (Ensembl Plants, Phytozome, UniProt и др.) для получения аннотаций, гомологов и путей...

Python⭐ 7
SidneyBissoli/medical-terminologies-mcp

SidneyBissoli/medical-terminologies-mcp

от sidneybissoli

MCP сервер для унифицированного доступа к глобальным медицинским терминологиям: ICD-11, LOINC, RxNorm, MeSH, ATC и другим. Более 30 инструментов для поиска кодов, сопоставления терминов и валидации...

TypeScript⭐ 15
neptun2000/heor-agent-mcp

neptun2000/heor-agent-mcp

от neptun2000

HEORAgent – MCP сервер для фармкомпаний и CRO. Автоматизирует обзор литературы (44 источника), оценку риска смещений, CEA/BIA моделирование и подготовку HTA досье для NICE, EMA, FDA. Упрощает HEOR-...

TypeScript⭐ 10
© Каталог MCP, 2026. Все права защищены.
Проект не аффилирован с Anthropic и любыми упомянутыми продуктами.
Все названия и торговые марки принадлежат их владельцам.
Контакты для связи: hi@mcp-katalog.ru

Лука Никитин